在Anaconda 中安装和使用R

原创已于 2024-06-12 17:53:33 修改 · 3.3k 阅读

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

于 2022-07-23 15:19:23 首次发布

本文指导如何在已安装Anaconda的基础上，通过conda管理工具创建R语言环境，安装Seurat库，并在Jupyter Notebook中启用R语言支持，包括IRkernel的安装和配置过程。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1、电脑上已经安装了Anaconda与在Anaconda 安装了Jupyter Notebook。

2、打开Anaconda Prompt 执行以下命令

conda install -c r r-essentials

3、貌似这个安装都不行，不成功，可以创建R语言虚拟环境

conda create -n R4.2 r-base==4.2

conda activate R4.2

conda install r-seurat

或者下面任何一个方式安装

conda install -c conda-forge r-glue


conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-glue


conda install -c conda-forge/label/cf201901 r-glue

4、jupyter中添加R语言支持，要让Jupyter Notebook能够支持R语言，需要安装一个较为关键的包：IRkernel

4.1安装 IRkernel

install.packages('IRkernel')

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))

install.packages('devtools')

devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

4.2 运行IRkernel

IRkernel::installspec()

5.运行完成后退出R，在Terminal中进入jupyter notebook