python中读取文件之序列化总结——系列3

最新推荐文章于 2022-05-21 12:18:38 发布
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  1. 这次终于用到了dump
  2. 假设有各种计算结果，放再measure_dict中，就可以这样操作
pickle.dump(measure_dict,open(file_names,'wb'))
  1. 以后就可以方便的进行读取，不用重新计算，节省时间
python从第二行开始读取文件_python学习笔记—— 从第二行开始读文件
weixin_39758392的博客
11-21 5508
原博文2018-04-16 16:26 −filename = info.txtf = open('info.txt') next(f) for line in f: print(line)next()函数获取了第一行的数据，但没有做任何动作。这样其后的FOR循环就直接从第二行开始读取执行。...相关推荐2019-12-02 14:47 −# 从mysql读数据import pymysqlim...
Python高级语法——文件的读取/写入/序列化/持久化——学习心得笔记
Python美丽星球--微信(Felixzfb)
01-15 391
Python高级语法——文件——学习心得笔记 1. 文件（file) 长久保存信息的一种数据信息集合 1.1. open函数 函数负责打开文件，带有很多参数 第一个参数：文件的路径和名称，必须有 mode: 表明文件以什么方式打开 r: 只读方式打开 w: 写方式打开，会覆盖以前的内容，如果没有文件，则创建文件 x: 创建方式打开，如文件已经存在，报错 a: append方式，以...
python文件读写、序列化和反序列化、os
Candriy的博客
06-12 680
文件读写：open(filename, mode)  返回file对象filename：包含了你要访问的文件名称的字符串值mode：决定了打开文件的模式：只读，写入，追加等。不同模式打开文件的完全列表：r 以只读方式打开文件。文件的指针将会放在文件的开头。这是默认模式。w 打开一个文件只用于写入。文件已存在则将其覆盖。文件不存在，则创建新文件。a 打开一个文件用于追加。b 以二进制格式读或写+ 可...
Python文件操作（序列化）
qq_44774287的博客
05-21 632
对文件进行操作 打开文件函数 # r:只读，w:只写，每次写数据都会清空原来数据，a+:追加 # open(文件路径,访问模式) fp=open('test.txt',r)# 如果.txt文件不存在则创建，但如果包或者文件夹不存在则报错 fp.close() 读文件 fp=open('test.txt',r) # read 一字节一字节读数据 content=fp.read() # read 读取一行数据 content=fp.readline() # read 读取多行数据，能一次读取全部数据，返回一
python文件读取操作、序列化
weixin_30314813的博客
10-30 253
1.对文件进行读写操作时，先建立文件句柄 1 f = open("test.txt","r",encoding="UTF-8") 其中，r为文件操作权限： r-只读，w-写（新建文件后写），a-追加（f.write()后在最后追加信息），r+读写（追加写），rb二进制文件读（后面不跟encodi）常用来做网络传输及视频文件读写操作。 2.文件读操作 1 f.read() ...
生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列
Baimoc
09-20 1万+
1 介绍 在基因结构分析或其他生物功能分析中会时常用到 CDS 序列，以及其他诸如 mRNA 序列，misc_RNA序列等具有生物意义的序列片段。而NCBI 的基因库中已经包含有这些的信息，但是只有一部分是整理可下载的。而剩下的一部分可以通过 genbank给出的位点信息来提取，个人能力有限，这里只做抛转之用。下面以提取 CDS 为例，记录提取序列过程，其他特征序列类似。 2 结构目录 3 Py...
python中的Pickle文件和npy文件（csdn）————程序.pdf
12-03
- **读取Pickle文件**：通过`pickle.load()`函数可以从文件中反序列化出Python对象。例如，我们可以从`val.pickle`文件中读取数据，将其转换回字典，并打印出来。 - **读取后存入txt文件**：如果需要将Pickle文件...
python文件操作（csdn）————程序.pdf
12-03
对于二进制文件，Python 的 `pickle` 模块可以用来序列化和反序列化对象，方便存储和加载数据。例如： ```python import pickle with open('data.bin', 'rb') as f: data = pickle.load(f) ``` 总的来说，Python...
python 时间序列预测 —— prophet
12-22
Python中的时间序列预测是数据分析和预测领域的重要组成部分，特别是在金融、零售、交通、气象等多个行业中。Prophet是由Facebook开源的一款高效、易用的时间序列预测工具，适用于处理具有季节性、趋势和其他复杂...
python中读取文件之序列化总结——系列2
woshilsh的博客
03-30 520
系列1中讲解了路径管理方法，那本文讲讲序列化操作，为啥要使用这个呢？简单就是为了保存我们代码中产生的各种对象，下次修改程序的时候前面完成的正确操作就不用重复计算了，可以直接读取保存的对象，也就是所谓的高大上名称“持久化”。好了，废话不多说，开始！ 问题：我们要讲我们计算得到的各种对象保存起来，假设存在measure_dict_file中，可以这样操作：measure_dict_file=os.p...
python读取序列5之后的数据_Biopython SeqIO 读取序列文件，读取信息，写入序列
weixin_39907526的博客
12-07 585
Biopython1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性：seq :一条生物序列id：基本ID，标识这条序列name：常用分子的名称description：序列分子的描述letter_annotation:是一个有给每个碱基注释的字典，键是注释类型，值是每个残基序列注释的列表annotations：序列附件信息...
使用biopython可视化染色体和基因元件
庐州月光的博客
01-06 2416
欢迎关注”生信修炼手册”!基因组结构元件的可视化有多种方式，比如IGV等基因组浏览器中以track为单位的展示形式，亦或以circos为代表的圈图形式，比如在细胞器基因组组装中，基因元件...
Python 自动化提取基因的 CDS
Baimoc
12-21 4833
文章目录一、环境准备及背景介绍二、Python 实现三、使用示例数据介绍1、提取单个基因CDS2、提取多个基因CDS2、提取全部基因CDS 一、环境准备及背景介绍 Python 开发环境：搭建 Python 高效开发环境： Pycharm + Anaconda Biopython 序列处理：生物信息中的 Python 02 | 用biopython解析序列 示例 Genbank 数据：下载链接 Genbank 数据介绍：生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序
Neurocomputing期刊投稿——大修返回阶段——小修
热门推荐
woshilsh的博客
04-18 3万+
现在大概在JCR2区，也算是神经计算领域不错的期刊了！ 设计的一个大数据图方面的挖掘算法，投这上面试水了！ 2018.10.11投稿 2018.12.13一审意见返回，三个审稿人，提了超多问题 2019.1.18一审修改稿返回，写了139页的回复意见，吐血，因为有好多图要修改，一稿的图不清晰，所以重新运行算法，弄了新图，新表格，并且加了新旧修改对比，因为用Latex写的修改稿对比，虽然比wps\o...
Biopython操作DNA,RNA和蛋白质序列
sunchengquan的博客
04-03 9136
如何将一条DNA编码序列翻译成蛋白质序列，并写入fasta文件 读入DNA序列 from Bio import Seq from Bio.Alphabet import IUPAC dna = open("data/hemoglobin-gene.txt").read().strip() dna = Seq.Seq(dna, IUPAC.unambiguous_dna) print(dna...
knowledge-based systems 终于返回了意见——小修
woshilsh的博客
04-18 1万+
老牌计算机类顶级期刊，这几年影响因子越来越高了！ 2018.12.1投稿，文章写的不咋地，但是创新还行，所以就斗胆投了！ 2019.4.18小修，中间间隔了4个半月，其实对于这种档次的期刊速度够快了！ 这个期间，期刊状态变了几次，忘记记录状态了。 jun 02, 2019要求返回，这段时间就不更博了，抽空哇！全力完成文章的修改，不过虽然开始写的不咋地，本来就是想试试算法的创新度，没想到，两个审稿人...
生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列
Baimoc
03-13 1万+
上一篇文章自己造轮子实现了序列的基础操作，但是在Python的世界里，一项工作只要重复的次数多了，那么一定就会有大神来开发相应的包来解决，这个包名就是 Biopython 。接下来我们试着使用它来实现简单的序列处理。 一、准备工作 1、 按照上一篇下载fasta文件的步骤，可以同理得到GeneBank的数据格式 2、现在我们的目录结构是这样的 3、安装Biopython，这里有两种方案： 3....
利用python处理dna序列_利用Python编程提取基因组基因序列
weixin_39895167的博客
11-30 3027
生物技术。DOI：10.16660/j.cnki.1674-098X.2019.11.141利用Python编程提取基因组基因序列①庞雪原 张婷婷(东北农业大学生命科学学院 黑龙江哈尔滨 150036)摘要：当前分子细胞类中小型实验室缺乏生物信息或编程背景研究员，无法对基因组进行大数据挖掘。本文从生物信息学角度将Python编程应用于生命科学领域，利用循环遍历算法，和Python特有的字典...
Python JSON序列化错误及自定义编码器解决方案
类似的问题也出现在二进制数据上，比如`bytes`类型常用于文件读取或网络传输，但由于JSON只支持UTF-8编码的文本字符串，`bytes`必须先解码为`str`才能参与序列化过程。 为了有效解决此类问题，文章提出了一种优雅且...
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