
单细胞
慎终君
慎终如始,则无败事
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解决一个Seurat依赖包版本问题 Error in getClassDef
原因是使用conda安装Seurat时,Matrix默认安装的最新版1.6.2。降级到1.6.1 即可解决。原创 2023-11-20 10:27:34 · 1767 阅读 · 0 评论 -
SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案
pbmc3k是单细胞经典数据集,SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因,在R里直接下载很容易失败。把该数据集用浏览器(用IDM等下载工具更快)下载下来后查看发现是R包的形式存在的,因此可以用手动安装的方式获得该数据集。手动下载该链接:‘http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz’,放到指定目录,这里放在home目录下。原创 2023-11-09 17:17:07 · 1390 阅读 · 0 评论