
生信
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慎终君
慎终如始,则无败事
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conda从4.12升级到最新版23.9 自动升级失败 手动升级方法
最新版conda有多线程下载,还做了一些其它易用性改动,所以决定从很老的4.12版本升级到最新版。因为版本差别过大,使用自带的。只要知道Linux下面一切皆文件,就无需拘泥于各种官方命令,手动修改文件也能达成目的。原创 2023-11-15 09:03:06 · 4659 阅读 · 4 评论 -
Ubuntu 20.04安装RStudio Server并使用conda虚拟环境
RStudio Server使用conda虚拟环境,网上查看了一些文章,实现起来都比较复杂,最后自己摸索出来最佳解决方案如下原创 2022-12-28 17:37:51 · 3850 阅读 · 0 评论 -
IGV变异可视化设置要点
IGV基因组浏览器(interactive genome visualization)是目前最常用的基因组学可视化工具,下面介绍一下NGS生信进行SNV、INDEL变异可视化的常用设置和操作。点击菜单栏View-Preferences-Alignments,在Downsampling栏目,取消Downsample reads,或者下面两个文本框填入想要的reads数。解释:Downsampling降采样,在高深度测序区域只显示部分reads,对于低频突变特别不友好,我甚至见过一个10几条reads支持的原创 2022-04-08 15:29:21 · 5617 阅读 · 1 评论