GO富集分析相关概念

摘自http://www.360doc.com/content/16/0315/13/28222222_542374288.shtml

GO： 基因本体（Gene Ontology）是一个在生物信息学领域中广泛使用的本体，它涵盖生物学的三个方面：细胞组分（cellular component）、分子功能（Molecular Function）、生物过程（biological process）。

Gene Ontology包含了基因参与的生物过程，所处的细胞位置，发挥的分子功能三方面功能信息，并将概念粗细不同的功能概念组织成DAG（有向无环 图）的结构。

GO是用一套统一的词汇表来描述生物学中的分子功能、生物过程和细胞成分。
对于一个基因产品（蛋白质或RNA），用某些词汇来描述它是干什么的或位于细胞哪里、或者参与了哪个生物过程，而这些词汇就是来自GO的Term。
Term是GO里面的基本描述单元。它结构如下：
Accession：
GO:0005515
Ontology：
molecular function
Synonyms：
related: alpha-2 macroglobulin receptor-associated protein activity
related: protein degradation tagging activity
related: protein tagging activity
exact: protein amino acid binding
alt_id: GO:0045308
Definition：
Interacting selectively with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). [source: GOC:go_curators]
Comment：
None
Subset：

说白了，GO就是为了对gene和gene product进行统一注释说明而成了的一个标准。这些注释说明来自称为“Ontology”的一套词汇。

什么是Anotation？
Anotation本意就是注释、说明，这些注释不是随意的词汇，而是来自Gene Ontology的一套标准词汇，在GO中Anotation是指用GO中的词汇表对Gene和Gene Product进行注释、说明的过程