whiffen_cann的专栏

3，根据自己的目的，用vi ,sed等方式修改old_header.sam ，假定新的header 文件命名为 new_header.sam。

转自：https://www.plob.org/article/7009.html1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对（mapping）对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping。Bwa比对步骤大致如下：（1）对参考基因组构建索引：例子：bwa index -a bwtsw hg19.fa。最后生成文件：hg19.fa.amb、hg19.fa.an

转自：http://ju.outofmemory.cn/entry/215236fastq文件格式说明（wiki）FASTQ_format 维基百科NSC_2011_Illumina_fastqAndQC Illumina fastq 格式官方文档fastq 文件质量控制fastqc  CommandLine Demo：./FastQC/fastqc -o

现在的一般都是Phred33的吧。。如果质量值对应的ASIIC码的值，有比64小的，那么他就是Phred33.如果有比73大的，那么就是Phred64体系的。这么说对吧？不对的请指正。以下属于转载：最近在学习质控知识时, 对于质量值体系及转换产生了一些疑问, 作了一些尝试, 趁集群故障, 在此总结一下质量值体系相比之前培训时所学的质控内容, (我拿到的) 流程中还多了一步 phred33t

pibase tools for validational and comparative analysis of BAM filespibase is an open-source package of linux command line tools for validating next-generation sequencing loci (SNPs and loci of interes

借助网上的图用下，表表意思（只需要看图和粗体字，小字不用注意）：看完图来说话，其实你看我这篇文章，目的就是想看gatk best practices 分析的全过程,按先后顺序，给你好看。预处理过程，开始于raw data,可以上fq，也可以上uBAM，并最终产生一个用于call variantion 的bam文件。预处理过程是纠正技术带来的偏差，使数据更适用于变异检