Lammps的Delete_atoms命令存在问题 —— Matlab指定百分比删除原子

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本文探讨了Lammps Delete_atoms命令在按百分比删除原子时存在的问题,并提出使用Matlab进行解决的方案。通过Matlab处理原子坐标文件,根据给定百分比计算并删除原子,实现对模拟系统的定制操作。

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Lammps的Delete_atoms命令存在问题 —— Matlab指定百分比删除原子

Lammps是一种用于分子动力学模拟的开源软件包,它可用于研究原子级别的材料行为。其中,Delete_atoms命令用于从模拟系统中删除选定的原子。然而,最近在使用Lammps的Delete_atoms命令时,发现存在问题。本文将讨论这个问题,并介绍如何使用Matlab来指定百分比删除原子的方法。

在 Lammps 中,Delete_atoms命令可以采用多种方式删除原子,例如通过指定特定的原子ID或范围。但是,当前的问题是无法直接通过百分比来删除原子。为了解决这个问题,我们可以通过结合Lammps和Matlab来实现按照百分比删除原子的操作。

首先,我们需要在Lammps中生成一个初始的原子坐标文件。可以使用Lammps提供的各种命令或者自定义脚本来创建一个合适的模拟系统。在本文中,我们将不讨论具体的生成方法,而是着重于后续的删除过程。

然后,我们将使用Matlab来处理原子坐标文件,并根据给定的百分比删除相应数量的原子。下面是一个示例代码:

% 导入原子坐标文件
data = importdata<
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