SeuratData报错： No access to remote SeuratData repository, unable to install new datasets的解决方法

最新推荐文章于 2024-12-27 14:52:12 发布

生信小白菜儿

最新推荐文章于 2024-12-27 14:52:12 发布

阅读量585

点赞数 1

文章标签：开发语言

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_69556916/article/details/131088367

版权

在尝试使用SeuratData包下载ifnb数据集时遇到错误：无法访问远程SeuratData存储库。解决方法是通过install.packages安装特定数据集，然后使用UpdateData更新并LoadData加载。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

加载SeuratData包后，想下载其中的数据，却报错：

>library(SeuratData)

Using cached data manifest, last updated at 2023-05-16 11:37:24

>InstallData("ifnb")

Using cached data manifest, last updated at 2023-05-16 11:37:24
错误: No access to remote SeuratData repository, unable to install new datasets

解决方法如下：

install.packages("ifnb.SeuratData", repos="http://seurat.nygenome.org/", type = "source")
UpdateData(ask = FALSE)

library(ifnb.SeuratData)
LoadData("ifnb")

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

生信小白菜儿

关注关注

1
点赞
踩
1

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

《Python基础教程》内容总览篇（持续更新中）

weixin_43178406的博客

08-26

30万+

大家好，我是爱编程的喵喵。双985硕士毕业，现担任全栈工程师一职，热衷于将数据思维应用到工作与生活中。从事机器学习以及相关的前后端开发工作。曾在阿里云、科大讯飞、CCF等比赛获得多次Top名次。现为优快云博客专家、人工智能领域优质创作者。喜欢通过博客创作的方式对所学的知识进行总结与归纳，不仅形成深入且独到的理解，而且能够帮助新手快速入门。个人精心开设的《Python基础课程》专栏订阅量接近900，帮助不少同学解决了Bug。

【ModelScope】KAN-TTS搭建SAMBERT个性化语音合成开发环境

老富的博客

04-10

4151

这是deb-src源码地址被注释掉了，以提高apt update速度，我们需要开启才能下载git的源码。使用 sed 命令将 debian/control 中的 gnutls 库改为 openssl 库。原因是git版本使用了GnuTLS库，不是OpenSSL。重新编译Git从GnuTLS版本到OpenSSL版本。修改源列表，去年deb-src前面的#注释。可以用通配符进入第一个匹配目录。删除所有自定义源还原默认源。msai是我的ai项目目录。清理源索引缓存让新配置生效。下载源码并跳转到源码目录。

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

Seurat R 安装及单细胞数据处理

读书笔记

11-01

979

Seurat of single-cell data processing

SeuratData包无法安装的解决办法

m0_62585245的博客

10-12

8552

2021.10.12 R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages :package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 我的R是4.1.1。以下方法可以解决： install.packages("remotes") remotes::install_github("satij...

SeuratData：便捷的单细胞数据集管理与分发

最新发布

gitblog_00704的博客

12-27

429

SeuratData：便捷的单细胞数据集管理与分发 seurat-data Dataset distribution for Seurat 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seura...

SeuratData：开启单细胞数据分析的便捷之旅

gitblog_00066的博客

06-26

416

SeuratData：开启单细胞数据分析的便捷之旅项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seurat-data 项目介绍在单细胞基因表达分析的前沿阵地，SeuratData扮演着至关重要的角色。它是一个巧妙设计的机制，旨在通过R语言的内部包和数据管理系统分发以Seurat对象形式存在的数据集。由Satija实验室开发并维护，SeuratData让研究者能...

SeuratData安装

qq_45759229的博客

07-31

498

我今天在upenn的服务器的R环境上安装SeuratData包，但是发现出现一个问题，

2021-02-08/09 大数据课程笔记 day19day20 某大型网站日志分析离线系统

qq_44745905的博客

02-10

5047

@R星校长某大型网站日志分析离线系统项目需求分析概述该部分的主要目标就是描述本次项目最终七个分析模块的界面展示。工作流在我们的 demo 展示中，我们使用 jquery+echarts 的方式调用程序后台提供的 rest api 接口，获取 json 数据，然后通过 jquery+css 的方式进行数据展示。工作流程如下：分析总述在本次项目中我们分别从七个大的角度来进行分析，分别为：用户基本信息分析模块浏览器信息分析模块地域信息分析模块用户浏览深度分析模块外链数据分析模块 .

[转]高负载并发网站架构分析

bluehire的专栏

12-23

2万+

由于自己正在做一个高性能大用户量的论坛程序，对高性能高并发服务器架构比较感兴趣，于是在网上收集了不少这方面的资料和大家分享。希望能和大家交流 msn: defender_ios@hotmail.com ——————————————————————————————————————— ? 初创网站与开源软件 6 ? 谈谈大型高负载网站服务器的优化心得! 8 ? Lighttpd+Squid+Apach

SeuratData使用说明

MO_NICA的博客

01-14

2792

SeuratData 是一个使用 R 的内置包和数据管理系统以 Seurat 对象的形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问 Seurat vignettes 中使用的数据集的简便方法。安装 SeuratData 的安装可以通过 devtools 完成。 devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 入门加载 SeuratData 时，将显示所有可用数据集的列表（这类似于 tidyverse 等其他元数据包以及用于创建每个数据集的 Seura

SeuratData安装得用devtools安装

zengwanqin的博客

03-18

8464

报错：或者用Bioconductor下载也会出现上图的报错解决方法：先下载devtools包然后通过devtools下载： library("devtools") devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 就可以下载成功啦！

Seurat-Data 项目使用教程

gitblog_00668的博客

08-19

435

Seurat-Data 项目使用教程项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seurat-data 1. 项目的目录结构及介绍 Seurat-Data 项目的目录结构如下： seurat-data/ ├── DESCRIPTION ├── LICENSE ├── NAMESPACE ├── README.md ├── R/ │ ├── data.R │ ...

Seurat-Data 开源项目教程

gitblog_01127的博客

08-19

738

Seurat-Data 开源项目教程 seurat-dataDataset distribution for Seurat项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seurat-data 项目介绍 Seurat-Data 是一个用于安装和管理 Seurat 数据集的 R 包。Seurat 是一个用于单细胞 RNA 测序数据分析的强大工具，而 Seurat-Da...

R语言学习小记一SeuratData安装

weixin_64317226的博客

10-26

2806

Error:不存在叫“SeuratData”这个名字的程辑包。错误：安装“SeuratData”报错。这时包就可以成功加载了。

单细胞测序两组差异分析—seurat包

热门推荐

ACGTexplorer的博客

05-20

3万+

尝试使用seurat包进行两组间差异分析使用的是seurat包自带的数据 #首先载入需要的包 library(Seurat) #安装seurat-data包 install.packages('devtools') library("devtools") devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData) library(patchwork) 安装数据集 # install dataset InstallData

跟着Seurat官网学空间转录组（10X数据集为例，包含细胞映射，无监督学习）

coffeeii的博客

05-30

5075

本教程演示如何使用 Seurat (>=3.2) 分析空间分辨的 RNA-seq 数据。虽然分析流程类似于用于单细胞 RNA-seq 分析的 Seurat 工作流程，但我们引入了更新的交互和可视化工具，特别强调空间和分子信息的整合。本教程将涵盖以下任务，我们相信这些任务对于许多空间分析来说都是常见的：正常化降维和聚类检测空间变化的特征交互式可视化与单细胞 RNA-seq 数据整合使用多个切片。

Seurat对象查看data错误

大锅小豆

03-21

3336

View(data) Error in eval(call("@", object, slot)) : no slot of name "images" for this object of class "Seurat" 解决： data.updated = UpdateSeuratObject(object = data)

SeuratData 项目常见问题解决方案

gitblog_00536的博客

12-21

401

SeuratData 项目常见问题解决方案 seurat-data Dataset distribution for Seurat 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/seurat-da...

SeuratData包加载内置dataset失败解决方法

m0_57279973的博客

11-14

525

正确的安装代码是。

svn检出报错：Unable to connect to a repository at URL

09-07

当你尝试通过Subversion (SVN) 检出代码仓库时遇到 "Unable to connect to a repository at URL" 这样的错误，通常意味着以下几个原因： 1. **网络连接问题**：检查你的设备是否能够正常访问指定的URL，可能是...