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RSS订阅原创 Scipy中的curve_fit函数拟合数据的流程
定义拟合函数假设我们要拟合的数据符合指数衰减函数的形式，即y = a * exp(-b * x) + c。因此，我们定义了一个名为func的函数，它接受三个参数：x、a、b和c。在这个函数中，我们使用了NumPy的exp()函数来计算指数函数的值。
2025-02-20 12:10:22
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原创 Gromacs模拟包含若干条完全相同的聚合物链的熔体
一般情况下，上述命令生成的坐标文件虽然可以用于模拟，但可能存在一些问题，由于链与链之间的距离较小，有些地方局域能量较大，因此模拟可能会出现卡死的情况。库，它是一个用于处理分子模拟数据的C++库，可以方便地读取、写入、处理分子模拟数据，例如轨迹文件、拓扑文件、能量文件等。上述是Gromacs模拟简单NPT模拟的mdp文件，当然，根据不同的模拟需求，mdp文件的内容也会有所不同。另外，由于模拟的聚合物链数量较多，因此模拟的时间可能会较长，而初始模拟无需要特别精确，因此，我们可以将单链的拓扑文件中的关键词。
2025-02-20 00:11:38
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原创 Linux常用命令与操作
tar -xzvf archive.tar.gz -C /path/to/dir #将gzip格式的归档文件解压缩到指定目录。tar -czvf archive.tar.gz dir #将目录压缩为gzip格式的归档文件。tar -xzvf archive.tar.gz #将gzip格式的归档文件解压缩到当前目录。
2025-02-18 20:29:37
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原创 Latex学习笔记及常用命令
Latex是一种基于TeX的排版系统，由Leslie Lamport在1984年开发。它是一种用于生成高质量文档的排版系统，特别适合于科学、数学和工程领域的文档编写。Latex使用一种标记语言来描述文档的结构和内容，然后通过编译器将其转换为PDF或DVI等格式的文档。
2025-02-18 16:13:35
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原创 Fortran基本语法暨学习笔记
Fortran是一种高级编程语言，由IBM公司在1957年推出，主要用于科学计算和工程应用。Fortran语言的设计初衷是为了提高数值计算的效率，因此它具有很高的执行效率和良好的数值计算性能。Fortran语言在科学计算领域有着广泛的应用，特别是在数值模拟、天气预报、流体力学、量子力学等领域。
2025-02-18 16:12:28
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原创 C++与面向对象编程学习笔记
C++是一种通用的编程语言，它支持过程式编程、面向对象编程和泛型编程。C++最初由Bjarne Stroustrup在贝尔实验室开发，作为C语言的扩展。C++的设计目标是提供比C语言更高级的功能，同时保持与C语言的兼容性。
2025-02-18 16:11:04
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原创 CMake学习笔记及简易操作流程
CMake 是个一个开源的跨平台自动化建构系统，用来管理软件建置的程序，并不依赖于某特定编译器，并可支持多层目录、多个应用程序与多个函数库。
2025-02-17 22:35:43
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原创 利用Chemfile读取Gromacs的轨迹与拓扑结构
gromacs进行模拟的工作中，我们通常需要输出其轨迹方便进行性质的计算。之前的文章，[利用Chemfile读取分子动力学轨迹文件]，简要介绍了如何读取gromacs轨迹中的坐标信息。很多时候我们进行后处理计算还需要一些分子拓扑的信息。本文介绍如何采用C++与Chemfile库读取gromacs轨迹的原子坐标与拓扑结构。
2025-02-17 22:03:47
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原创 使用VMD可视化lammpsdata文件并渲染出图片简易教程
Drawing Mrthod：CPK Resolution 50左右。输入 topo readlammpsdata **.dat。Selected Atoms 选择不同原子。第三栏加上 命令中插入 -res 2560 1440。Material 选择不同材质。右上角Extensions---Tk Console。Display--Depth Cueing 关闭。第二栏 设置图片文件名（一定要设置）VMD 绘制分子示意图--lammps。输入cd work_dir。
2024-11-28 00:38:21
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原创 利用Chemfile读取分子动力学轨迹文件
chemfile是一个由C++编写的开源的库，主要用于读和写分子模拟中的构型、拓扑与轨迹文件。Chemfile支持多种程序语言，包括C/C++, Python, Fortran，Julia和Rust本文主要介绍利用C++与Chemfile来读取一条连续分子动力学轨迹。
2024-08-19 22:40:47
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原创 在无法连接外网的服务器上，无root权限的情况下安装gcc
课题组自购的服务器无法连接外网，只能在内网内通过电脑连接。某次我需要用到高版本的gcc编译器，但是又没有root权限。因此需要用到本文的方法。本文默认本人电脑可以连接外网，但服务器无法连接外网。本人使用系统为ubuntu
2024-03-02 01:41:39
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空空如也
空空如也
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