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【代码】【R语言基础】如何更新R版本。

【代码】【R基础】如何开始学习R-从下载R及Rstudio开始。

【R基础】一组数据计算均值、方差与标准差方法及意义均值、方差与标准差是用来描述数据分布情况。

例如：已知矩阵，如何求除对角线值以外均值。

R报错 lib = “C:/Program Files/R/R-4.0.4/library 不可写入，解决办法

调用有参数的函数，括号里写明参数值 function(6) new.function(a = 11, b = 5, c = 3)#内置函数的简单示例是 seq()，mean()，max()，sum(x) 和 paste(...) 等。my.function1(1,1,1,1,1,1,1) #使用参数值调用函数（按位置和名称）# 调用没有参数的函数 ，直接用空的括号 new.function()# 示例1： 求1的3次+2的3次+。2. 函数调用方式；

注意：如果当时可以用，但是过一段时间不能用了；还是同样的报错，那就重新再装一次这个包，不然加载没问题，就一直找不到问题，必须重新装一次。报错原因：在线查询KEGG数据库更新了，需要用新版本的R，更新clusterProfiler包。本地查询与在线查询唯一不同的就是设置 use_internal_data =T。clusterProfiler包。R版本不对 R4.1。

PCA 变换之后的各个维度被称为主成分，各个维度之间是线 性无关的。为了使变换后的数据各个维度提供的信息量从大到小排列，变换后的数据的各个维度的方差也应该是从大到小排列的。数据经过 PCA 变换 之后方差最大的那个维度被称为第一主成分。多个变量较为复杂---通过数学的方式---线性转换为少数几个变量（保留了原始数据绝大部分重要差异信息。. 群体分层分析和推断进化关系，与phylogenetic tree，structure的结果互相验证。. 检查离群样本，有选择的剔除离群样本（如取样错误、严重污染）。

2. 1 的基础上，添加浮点参数（” %m.nf ” ，其中m 表示打印的宽度，n 表示小数点后的位数。如果流程比较长，或者是希望借助IT实现网页版分析，仅选择几个参数，普通不会代码的人也可以分析，则建议本文的重点R包--optparse。使得R脚本流程化，每次只需要修改参数即可，简化主流程脚本，与IT衔接，实现网页版小白点点点的分析目的。报错2：参数类型指定不对（错写为默认值）----------改为默认的整数 / 字符等即可。现实中，可能要实现一个分析目的，流程会很长，看起来没有逻辑，又很冗余。

GCTAPlink6.1 利用plink计算pca-----直接出结果结果文件具体内容6.2 利用GCTA计算pca-----分2步；先计算亲缘关系矩阵---再计算PCA。

示例1：为什么剔除重复样本以后，反而聚在了一起。原因：1.1 PCA分析首先是要计算亲缘关系系数的；重复样本A、B的亲缘关系系数必然会很高，达0.99以上。1.2 PCA作图，每个点与点之间是一个相对的概念，当2个样本A、B为重复样本时，2个样本A、B之间的距离，相对于A、B与其它样本C、D、E、F、G 亲缘关系是近的，所以A、B与其它样本C、D、E、F、G就显著的分散开2堆；1.3 当A、B删除掉一个重复以后，A与其它样本C、D、E、F、G 亲缘关系就相对变化，PCA就变成了1堆。

R语言在线网站：WebR - R in the Browser。个人感觉还是下载本地的比较方便一些。

【代码】【R语言】R包-探索ggtree进化树美化。

【代码】【RStudio】 快速解锁新技能-快捷键。