STAR构建index报错src/Genome_genomeGenerate.cpp:219:genomeGenerate: exiting because of *OUTPUT FILE* erro

在使用STAR构建基因组索引时遇到无法创建输出文件的问题,报错提到了路径存在性和写入权限。解决方案是检查指定的输出文件夹是否已创建并确保有写权限,同时可能需要调整系统限制如ulimit以允许打开更多文件。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

用star构建index时出现如下报错:

src/Genome_genomeGenerate.cpp:219:genomeGenerate: exiting because of *OUTPUT FILE* error: could not create output file reference/mouse/STARindex/chrName.txt
SOLUTION: check that the path exists and you have write permission for this file. Also check ulimit -n and increase it to allow more open files.

原因,输出文件夹STARindex需要自己手动建立

建立好之后再重新跑即可

参考about the genomeGenerate error · Issue #676 · alexdobin/STAR (github.com)

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