Bio每日一题：Rosalind-03-Complementing a Strand of DNA

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你是否想像专业人士一样分析DNA序列？这里有一个简单的任务来帮助你入门。
📝 任务说明: 给定一个DNA序列，输出与其反向互补的序列。

示例：

解答：

方法 1: 使用基础Python实现反向互补序列

• 这段代码逐个遍历DNA序列中的每个碱基，将其替换为互补碱基（A↔T，C↔G）。
• 然后通过 reversed() 函数反转互补序列，并使用 join() 方法将其连接成一个字符串，最终输出反向互补序列。

def replace_reverse(Sequence):
    reverse_seq = ""
    for base in Sequence:
        if base == "A":
            base = "T"
            reverse_seq += base
        elif base == "T":
            base = "A"
            reverse_seq += base
        elif base == "C":
            base = "G"
            reverse_seq += base
        elif base == "G":
            base = "C"
            reverse_seq += base
    print(reverse_seq)
    print("".join(reversed(reverse_seq)))  # join() 是一个字符串方法，用于将一个可迭代对象（例如列表、元组或反向迭代器）中的元素连接成一个新的字符串。

def main():
    Sequence = "GGTTTCCCATGGTTGACATGATACAGAATTCGGCAGCCCGAAAGTACATGCTGTATGT"
    replace_reverse(Sequence)

if __name__ == "__main__":
    main()

方法 2: 使用BioPython库实现反向互补序列

• 该方法使用了BioPython库，它提供了丰富的生物信息学工具。
• 使用 Seq 类创建DNA序列对象，并通过调用 reverse_complement() 方法直接获得反向互补序列。

from Bio.Seq import Seq

def biopy_reverse(Sequence):
    seq = Seq(Sequence)
    reverse_complement = seq.reverse_complement()
    print("Reverse Complement: ", str(reverse_complement))

def main():
    Sequence = "GGTTTCCCATGGTTGACATGATACAGAATTCGGCAGCCCGAAAGTACATGCTGTATGT"
    biopy_reverse(Sequence)

if __name__ == "__main__":
    main()

总结

在解决生物信息学问题时，使用基础Python代码可以帮助你理解序列操作的基本原理，而借助BioPython等专业库可以大大简化代码，提升效率。根据具体情况选择合适的方法，让你的DNA序列分析更高效、更专业！

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纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行。