动物基因组测序基础分析流程总结(GWAS全流程第一部分:WGS基础流程)
一、前言:生信一年级硕士,进了纯生信课题组之后就开始了自学之路~,当前课题是做动物GWAS。因为自学的时候看了许多教程和代码都是针对人类基因组的,学习(copy)代码的时候各种大佬博主都是以人类基因组或者模式生物举例,如果做其他动物多多少少会有一些差别。本文是本人学习过程中留下的随手笔记,包括动物基因组测序和基础分析、GWAS后续分析笔记。目录从fastq到vcf各种过滤GWAS关联分析绘制曼哈顿图和QQ图admixture群体结构分析根据SNP位点定位到gff文件上的基因SHIF根据找
原创
2021-12-20 17:50:15 ·
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