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RSS订阅原创 关于snp-calling中GATK软件的最佳线程（核心）数
对于在服务器上跑测序数据的生信初学者来说，每一个步骤和命令应该请求多少线程总会让人一头雾水。盲目求多不可取，浪费运算资源（和浪费钱~），可是如果线程数太少又不知要跑到猴年马月。本文测试对比了gatk部分命令在不同线程下的运行速度，以供参考。（节约时间的话直接拉到最后看结果）
2022-11-02 11:25:49
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原创 动物基因组测序基础分析流程总结（GWAS全流程第一部分：WGS基础流程）
一、前言：生信一年级硕士，进了纯生信课题组之后就开始了自学之路~，当前课题是做动物GWAS。因为自学的时候看了许多教程和代码都是针对人类基因组的，学习（copy）代码的时候各种大佬博主都是以人类基因组或者模式生物举例，如果做其他动物多多少少会有一些差别。本文是本人学习过程中留下的随手笔记，包括动物基因组测序和基础分析、GWAS后续分析笔记。目录从fastq到vcf各种过滤GWAS关联分析绘制曼哈顿图和QQ图admixture群体结构分析根据SNP位点定位到gff文件上的基因SHIF根据找
2021-12-20 17:50:15
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原创 ubuntu18.04下RTX3090环境配置+CUDA11.1+cudnn8.0.5+tf2.4.0（详细）
(deeplabcutcore)ubuntu18.04下RTX3090环境配置+CUDA11.1+cudnn8.0.5+tf2.4.0之前在2080TI上用deeplabcut（后简称DLC）跑动物轨迹识别，最近忍不住入坑了3090，下面是RTX3090搭建环境的过程。（坑真的超级多！！）系统：ubuntu18.04显卡：RTX3090CUDA：11.1cudnn：对应CUDA11.1（8.0.5）tensorflow：2.4.0（2.4.1也行）因为之前已经习惯用conda安装软件了，但是c
2021-03-19 13:48:07
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空空如也
空空如也
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