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原创 Fortran openmp并行打开多个文件

计算中需要读取几十GB的文件(文件大概有100个),顺序读取太慢,想用并行试试。6核读取时间将近缩短了5倍,效果极其满意。python读取文件夹下所有同一类文件名name,将这些文件名写入多个文件file下,fortran循环读取file下name,依据name变量读取文件夹下所有同一类文件内容。将多个文件file记为循环变量i,采用openmp 设定线程数=i,从而并行读取文件。服务器硬盘采用RAID 5,理论上可获得极好的读写效率。fortan并行读取vscode openmp测试task.j

2022-07-06 09:56:42 918

原创 VSCODE配置fortran调试环境(INTEL)

python -m pip install fortran-language-serversetting搜索break,把Allow Breakpoints Everywhere打开,即可打断点。

2022-07-06 09:37:52 5282 2

原创 MBPT多体微扰计算软件berkeleyGW编译(intel编译器)

MBPT多体微扰计算软件yambo编译(intel编译器)#arch.mkCOMPFLAG = -DINTELPARAFLAG = -DMPIMATHFLAG = -DUSESCALAPACK -DUSEFFTW3FCPP = cpp -C -nostdincF90free = mpiifort -freeLINK = mpiifort -qopenmpFOPTS = -O3 -no-prec-divFNOOPTS = -O2 -no-prec-divMOD_OPT = -m

2020-09-24 15:00:36 726

原创 MBPT多体微扰计算软件yambo编译(intel编译器)

intel xe编译器常规操作yum install libstdc++.i686 libstdc++-devel.i686 libstdc++-static.i686 libgcc.i686yum install glibc.i686 glibc-static.i686 glibc-devel.i686 libXScrnSaver.i686 vim /etc/profile.d/intel.shsource /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64sour

2020-09-24 11:13:21 1175

原创 Quantum Espresso Hands-On实战训练(六)——Fatband能带计算

系列文章目录Quantum Espresso Hands-On实战训练(一)——DFT能带计算Quantum Espresso Hands-On实战训练(二)——HSE计算Quantum Espresso Hands-On实战训练(三)——DOS计算Quantum Espresso Hands-On实战训练(四)——波函数可视化Quantum Espresso Hands-On实战训练(五)——电荷密度可视化文章目录系列文章目录一、计算过程1. scf及nscf常规操作2. 投影状态密度计算3.

2020-08-24 10:46:14 8943 1

原创 Quantum Espresso Hands-On实战训练(五)——电荷密度可视化

系列文章目录Quantum Espresso Hands-On实战训练(一)——DFT能带计算Quantum Espresso Hands-On实战训练(二)——HSE计算Quantum Espresso Hands-On实战训练(三)——DOS计算Quantum Espresso Hands-On实战训练(四)——波函数可视化文章目录系列文章目录一、计算过程1. scf及nscf常规操作2. pp.x后处理3. VESTA可视化二、scf及nscf三、pp.x后处理四、VESTA可视化一、

2020-08-24 10:26:10 4009

原创 Quantum Espresso Hands-On实战训练(四)——波函数可视化

系列文章目录Quantum Espresso Hands-On实战训练(一)——DFT能带计算Quantum Espresso Hands文章目录系列文章目录一、计算过程1. scf及nscf常规操作2. pp.x后处理3. VESTA可视化二、scf及nscf三、pp.x后处理四、VESTA可视化一、计算过程1. scf及nscf常规操作2. pp.x后处理3. VESTA可视化二、scf及nscf常规操作,pw.x输入文件可参考` &CONTROL

2020-08-24 10:05:58 2981

原创 pwscf与wannier90 Hands-On实战训练(一)——费米面计算为例

系列文章目录Quantum Espresso Hands-On实战训练(三)——DOS计算文章目录系列文章目录计算过程pwscf直接得到等能面pwscf和wannier90得到等能面pwscf直接得到等能面1. scf2. nscf3. 后处理pwscf和wannier90得到等能面1. Kpoints2. scf3. nscf4. pw2wan及wannier90.x5. XCrySDen可视化计算过程pwscf直接得到等能面pwscf和wannier90得到等能面pwscf直接得到等能面

2020-08-21 17:36:10 4415 1

原创 Quantum Espresso Hands-On实战训练(三)——DOS计算

系列文章目录Quantum Espresso Hands-On实战训练(一)——DFT能带计算Quantum Espresso Hands-On实战训练(二)——HSE计算文章目录系列文章目录计算步骤1. scf2. ncsf或bands3. 后处理scf输入文件bands输入文件后处理一后处理二计算步骤1. scf2. ncsf或bands3. 后处理scf输入文件 &CONTROL title = 'LDA.inp' ,

2020-08-21 17:14:01 4957 1

原创 Quantum Espresso Hands-On实战训练(二)——HSE计算

系列文章目录Quantum Espresso Hands-On实战训练(一)——DFT能带计算文章目录系列文章目录计算过程1. scf2. 后处理pwscf后处理1. bands.x2. plotband.x计算过程1. scf2. 后处理pwscf输入文件 &CONTROL title = 'hse.inp' , calculation = 'scf' , resta

2020-08-21 16:59:16 4881 5

原创 Quantum Espresso Hands-On实战训练(一)——DFT能带计算

文章目录计算步骤scf-bands获得能带结构scf直接获得能带计算步骤一般来说有以下过程scf自洽nscf (bands)计算后处理前两步的主要区别在网格选取,第一步主要采用非密集网格,诸如K_POINTS automatic 5 5 5 1 1 1第二步主要采用K点路径,诸如VASPKIT杂化泛函产生的Kpoints,以及Seek-Path等K_POINTS crystal 202 0.000000000 0.000000000 0.0000000

2020-08-21 16:47:56 8279 1

原创 MBPT计算软件berkeleyGW编译安装

文章目录编译设置所需库编译安装与yambo的比较话不多说,先上编译设置文件。编译设置由于QE中未编译HDF5,此处也不编译。COMPFLAG = -DGNUPARAFLAG = -DMPIMATHFLAG = -DUSESCALAPACK -DUSEFFTW3 #-DHDF5FCPP = cpp -C -nostdincF90free = mpif90 -ffree-form -ffree-line-length-none -fno-second-underscore -fop

2020-08-20 16:22:09 1225

原创 MBPT计算软件yambo编译安装

文章目录简介编译安装主要模块DFT接口教程链接往期精彩简介YAMBO implements Many-Body Perturbation Theory (MBPT) methods (such as GW and BSE) and Time-Dependent Density Functional Theory (TDDFT), which allows for accurate prediction of fundamental properties as band gaps of semicondu

2020-08-20 15:58:08 2310

原创 Quantum Espresso安装教程及pwgui软件安装

Quantum Espresso及其需要软件安装——基于centos 7必先阅读centos和win10双系统安装最简单方便的方法及centos系统配置(二)以搭建gcc MKL openMPI等。gcc安装下载gcc-9.3.0,解压链接: https://pan.baidu.com/s/1XfNLlpG9wE5Q8nL3dgEzaA 提取码: mnfg将gmp isl mpc mpfr放在gcc主目录gcc主目录执行./contrib/download_prerequisites,判断依

2020-08-20 14:01:00 6904 4

原创 centos和win10双系统安装最简单方便的方法及centos系统配置(二)

centos和win10双系统安装最简单方便的方法及centos系统配置(二)centos和win10双系统安装最简单方便的方法及centos系统配置(一)关闭自动更新win10和centos7的双系统中,centos7不能sudo yum update更新,否则引导会出错,打不开centos7。sudo yum install yum-cronsudo vim /etc/yum/yum-cron.conf update_messages和download_updates均修改为no:yu

2020-08-20 13:18:59 943

原创 centos和win10双系统安装最简单方便的方法及centos系统配置(一)

centos和win10双系统安装最简单方便的方法及centos系统配置(一)为什么选用centos 7安装准备安装centos和win10双系统安装最简单方便的方法及centos系统配置(二)及其重要,建议阅读!!!否则centos7很可能坏掉!!!为什么选用centos 7作为稳定的操作系统,centos已更新到8,由于刚刚发布更新,epel仓库内的软件并不是太全。例如itc itk等。这类软件通过yum安装非常便捷,但通过源码编译却非常麻烦。虽然centos 8更好看点,不过,做计算还是选cent

2020-08-20 12:55:02 965

原创 VASP中HF标准和HSE06的INCAR文件介绍

HF standard Calculation%-----------insulator and semiconductor:-----------%ISTART = 1LHFCALC = .TRUE.AEXX = 1.0 (full Hartree-Fock type calculations:1-for LHFCALC=.TRUE.; 0-for LHFCALC=.false.)...

2020-02-12 10:58:22 4328

原创 VASP几何优化INCAR文件简单介绍

Global ParametersSystem = siliconISTART = 1 (Read existing wavefunction; if there)ISPIN = 2 (Spin polarised DFT默认值1-non spin)MAGMOM = INO*1 (ISPIN=2时,MAGMOM=原子个数*1...

2020-02-12 10:56:18 9706

原创 VASP中KPOINTS的几种选择

The simplest method- fully-AutoAutomatic mesh-the simplest # generates Γ centered Monkhorst-Pack grids0 # number of k-points = 0 ->automatic generation schemeAuto # fully autom...

2020-02-12 10:53:45 8042

原创 centOS安装vasp5.4.4最详细步骤(intel编译器)

root模式1. root模式32bit 库准备:需要安装.i686文件1.1yum list libstdc*yum install libstdc++.i686yum install libstdc++-devel.i686yum install libstdc++-static.i6861.2yum list glibc*yum install glibc.i686yum i...

2020-02-11 17:08:39 11796

原创 解决VMWare启动共享文件夹后centOS虚拟机/mnt/hgfs下不显示的问题

1.系统为centOS 7虚拟机,在用户模式运行终端vmhgfs-fuse .host:/ShareWith /mnt/hgfsShareWith是设置的共享文件夹名称在虚拟机/mnt/hgfs/即可看到共享文件夹2.若不小心在root模式运行了vmhgfs-fuse,用户不具有hgfs的访问权。则可创建在/mnt/hgms文件夹,在用户模式运行vmhgfs-fuse .host:/Sh...

2020-02-11 16:31:25 1912

原创 linux系统下Gaussian16和Gaussian view6的详细安装步骤

linux系统下Gaussian16和Gaussian view6的详细安装步骤系统为VM workstation虚拟机centOS 7。在用户模式运行,flying为用户名。1.G16和Gview6解压在同一个目录下/home/flying/Gaussian2.安装G16在解压后的g16文件夹运行终端,输入命令./bsd/install3.创建工作文件夹/home/flying/t...

2020-02-11 16:10:32 22517 1

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