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Stereo-seq 原始测序数据通过 SAW 软件中的 mapping 工具，将存储在 FASTQ 文件中的原始测序reads 的CID 与 Stereo-seq 芯片 Mask 文件记录的 CID 坐标键值对进行匹配（允许一位容错）。想了一个好方法：在服务器上下载很慢，因为校园网慢，所以在跳板机上连外网下载，再上传到服务器上，应该挺快。数据集下载老是暂停，因为是动态链接，怀疑是时间太久了，而且ssh连接昨晚断了一次，很奇怪。听了师兄的建议，使用xftp，顺利弄好数据集。我没指定species 也行？
2024-01-21 22:27:22
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原创 【生物信息】LSTM-PHV代码精读+实验
代码：https://github.com/kuratahiroyuki/LSTM-PHV文章：https://academic.oup.com/bib/article/22/6/bbab228/6308200?searchresult=1&login=false#312139838任务：这是文章和它的github地址，你先在自己机子上配好环境跑通他的代码，然后如果电脑带不动就把batchsize调小一点。后续要把lstm改成别的深度学习方法进行对比实验，下周周四前争取先能把他的代码跑通。额外：
2023-08-06 11:38:28
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原创 【期刊】生物信息
SSCI即社会科学引文索引（Social Sciences Citation Index）即社会科学引文索引，为SCI的姊妹篇，亦由美国科学信息研究所创建，是目前世界上可以用来对不同国家和地区的社会科学论文的数量进行统计分析的大型检索工具。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。SCI（科学引文索引）、EI（工程索引）、CPCI（科技会议录索引）是世界著名的三大科技文献检索系统，是国际公认的进行科学统计与科学评价的主要检索工具。
2023-07-12 20:11:49
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原创 论文《空间转录组学技术及其应用的研究进展_林辰》
1、传统的转录组测序将ＲＮＡ的表达量平均化，忽略了细胞群体内不同细胞之间基因表达的异质性2、单细胞ＲＮＡ测序技术能独立地提供每个细胞的ＲＮＡ 表达谱，区分出细胞的基因表达差异，并鉴定出异质细胞群中的稀有细胞。会导致细胞空间位置信息的丢失3.基于原位捕获ＲＮＡ 的空间转录组学技术，记录所检测ＲＮＡ分子的空间位置信息。
2023-05-17 15:56:11
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原创 深度学习引言
利用机器学习算法，我们不需要设计一个“明确地”识别唤醒词的系统。相反，我们只需要定义一个灵活的程序算法，其输出由许多参数（parameter）决定，然后使用数据集来确定当下的“最佳参数集”，这些参数通过某种性能度量方式来达到完成任务的最佳性能。那么到底什么是参数呢？参数可以被看作旋钮，旋钮的转动可以调整程序的行为。任一调整参数后的程序被称为模型（model）。通过操作参数而生成的所有不同程序（输入-输出映射）的集合称为“模型族”。
2023-04-07 23:18:05
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原创 Mac下/usr目录
1: Mac下/usr/local目录默认是对于Finder是隐藏，如果需要到/usr/local下去，打开Finder，然后使用command+shift+G，在弹出的目录中填写/usr/local就可以了。2: 还有一种查看方式就是在命令行中：cd /usr/local然后再使用ls就可以查看下面安装的东西了。...
2022-02-28 15:51:40
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转载 python libsvm模块在mac上的安装
转载来自于 ：https://blog.youkuaiyun.com/zhangfeng12345677/article/details/78590135libsvm 下载地址： https://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/现在网上下载libsvm.zip文件然后终端进入libsvm文件夹执行 一次make命令：make终端进入libsvm->python文件夹 ：cd python在此执行一次make命令：make现在已经成功编译libsvm，可以在lib
2022-02-28 15:37:24
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原创 CISC和RISC的特点和区别
CISC和RISC的特点和区别简介特点1、指令系统2、存储器操作3、程序4、中断5、CPU6、设计周期7、用户使用8、应用范围简介CISC的英文全称为“Complex Instruction Set Computer”，即“复杂指令系统计算机”，从计算机诞生以来，人们一直沿用CISC指令集方式。早期的桌面软件是按CISC设计的，并一直沿续到现在。目前，桌面计算机流行的x86体系结构即使用CISC。微处理器(CPU)厂商一直在走CISC的发展道路，包括Intel、AMD，还有其他一些现在已经更名的厂商，如
2021-04-14 12:41:43
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空空如也
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