weixin_44015821的博客

利用二级结构和contact引导的差分进化来进行蛋白质结构的预测

weixin_44015821 — Thu, 21 May 2020 21:15:12 +0800

文章题目：Secondary Structure and Contact Guided Differential Evolution for Protein Structure Prediction 最近看了师兄的论文，打算写个博客记录一下，免得几个月后又忘记了。好记性不如烂笔头，这个懒不能偷，血的教训，去年把杨建益老师的trRosetta理解了一遍，放了4个月的寒假，再拿起来看，脑子里全是问号，好生气！目前，主要有两个问题严重地限制了蛋白质结构预测的准确性。 1.在巨大的构想空间中寻找接近天然态的

将npz文件转化为txt文件中出现错误（ValueError: Expected 1D or 2D array, got 3D array instead）的解决办法

weixin_44015821 — Thu, 21 May 2020 20:08:04 +0800

seq.npz直接使用Notepad++打开发生错误，试着使用python去读这个文件包。 import numpy as np # %% seq_data = np.load('seq.npz') print(seq_data.files) # %% dist = seq_data['dist'] omega = seq_data['omega'] theta = seq_data['theta'] phi = seq_data['phi'] np.savetxt('seq_data.txt',dis

为什么协方差矩阵求逆可以消除间接耦合

weixin_44015821 — Mon, 18 May 2020 22:19:37 +0800

之前看论文的时候，发现协方差矩阵求逆就是精确矩阵，一直非常难以理解，为什么协方差矩阵求逆可以消除间接耦合。一般情况下，如果想知道两个随机变量之间的关系，可以利用协方差矩阵，计算相关矩阵系数来得出它们之间的关系，若相关矩阵系数为0，则它们之间的关系是独立的，若相关矩阵系数>0，则它们呈正相关的关系，若相关矩阵系数<0，则它们呈负相关系数。但是通过与正确结果相比，这个矩阵显示出的信息是粗糙的。比如一条序列有n个残基，两两残基之间的关系，真实的情况中有5%的残基对之间是独立的，但是利用协方差矩阵计算出

贝叶斯算法的理解（结合拼写纠正实例和垃圾邮件实例）

weixin_44015821 — Mon, 18 May 2020 20:02:13 +0800

1.贝叶斯要解决的问题： (1)正向概率：假设袋子里面有N个白球，M个黑球，你伸手进去摸一把，摸出黑球的概率有多大。 (2)逆向概率：如果我们事先并不知道袋子里面黑白球的比例，而是闭着眼睛摸出一个（或好几个）球，观察这些取出来的球的颜色之后，那么我们可以就此对袋子里面的黑白球的比例做出什么样的推测。 (3)贝叶斯公式：P(A|B)=P(A)*P(B|A)/P(B) 2.贝叶斯实例问题一：拼写纠正实例（我们看到用户输入了一个不在字典中的单词，我们需要去猜测“这个家伙到底想输入的单词是什么？”）

对信息量、熵、相对熵、交叉熵的简单理解

weixin_44015821 — Fri, 15 May 2020 14:41:05 +0800

1.信息量：显而易见的事情。信息量较小，不常发生的事情，信息量较大。假设X是离散随机变量，其取值范围为I，概率分布P(x) = Pr(X = x)，xI，则定义事件X = x0的信息量为I(X0) = -log(P(x0)) 2.熵：对于某个事件，有n种可能，每一种可能性都有一个概率P(x)，熵用来表示所有信息量的期望，即H(x) = - 3.相对熵(KL散度)：对于同一个随机变量X，有两个单独的概率P(X)和Q(X)，我们可以用KL散度来衡量两个分布的差异。在机器学习中，P往往用来表示样本的真

JS中Generator实现（yield关键字、return关键字）

weixin_44015821 — Thu, 14 May 2020 16:38:23 +0800

1.Generator是ES6中新增的语法，和Promise一样，都可以用来异步编程。 2.Generator函数和普通函数的区别： (1)普通函数：一旦执行，就会从头走到尾，不会终止。 function normalFn（）{ console.log('start') console.log('middle') console.log('end') } normalFn() (2)Generator函数 [1]Generator不是一个函数，定义generator时，使

JS中Promise的实现（结合实例）以及执行顺序

weixin_44015821 — Thu, 14 May 2020 15:51:02 +0800

1.Promise是异步编程的一种解决方案，比传统的解决方案——回调函数和时间更加合理且强大。 2.特点： (1)对象的状态不受外界影响（3种状态） [1]Pending状态（进行中） [2]Fulfilled状态（已成功） [3]Rejected状态（已失败） (2)一旦状态改变就不会再变（两种状态的改变：成功、失败） [1]Pending——>Fulfilled [2]Pend——>Rejected (3)可以把Promise看成一个状态机，初始是Pending状态，可以通

对JS中的继承的理解(通过构造函数绑定法，prototype模式法绑定，Object.create（）以及ES6中的extends

weixin_44015821 — Sat, 09 May 2020 16:48:43 +0800

1.在ES5中，可以使用以下方式解决继承问题。 (1)第一种叫构造函数绑定：这种构造方法，只能继承父构造器中的属性，不能继承父构造器原型上的属性。 function Animal (){ this.species = 'animal'; } function Cat(name,color){ Animal.apply(this,arguments); this.name = name; this.color = color; } var cat = new Cat("damao","black"

对JS中的防抖（debounce）和节流（throttling）的一些理解（结合实例）

weixin_44015821 — Tue, 05 May 2020 18:41:51 +0800

1.防抖（debounce）:遇到延时函数的定时器，就重新计时 (1)策略：当事件被触发时，设定一个周期延时执行动作，若周期又被触发，则重新设定周期，直到周期结束，执行动作。在后期有拓展了前缘防抖函数，即执行动作在前，设定延迟周期在后，周期内有事件被触发，不执行动作，且周期重新设定。 (2)特点： [1]当事件快速连续不断触发时，动作只会执行一次。 [2]延迟debounce，是在周期结束时执...

对JS中模块化的一些理解（CommonJS、AMD、ES6的模块化）

weixin_44015821 — Sat, 02 May 2020 15:58:41 +0800

JS本身是不支持模块化的，只不过后来社区的一些大佬制定了一个模块化规范，主要分为两种：第一种：用于服务器端的CommonJS，比如node.js中的require。第二种：客户端的AMD，比如require.js。后来ES6提供了模块化的方案，分为导出（export）、导入（import）两个模块。 1.首先介绍一下CommonJS（同步、服务端） (1)Node应用由模块组成，采用Comm...

对JS中深拷贝、浅拷贝的一些理解以及深拷贝常用的一些方法

weixin_44015821 — Fri, 01 May 2020 16:01:44 +0800

1.首先我们先区分一下什么是深拷贝、什么是浅拷贝？假设B复制了A，当修改A时，看B是否发生了变化，若B也跟着变了，那么就说明这是浅拷贝；若B没变，则说明是深拷贝。 2.通过阐述堆栈、基本数据与引用数据来理解深拷贝和浅拷贝。 (1)基本数据类型和引用数据类型的数据存储是不一样的 (2)基本数据类型——名、值都存储在栈内存中。 let a = 1; 当b复制a时，即b = a;栈内存会开辟一个内存...

对JS中的闭包（块级作用域）的一些理解（为什么有时候for循环遍历会出现错误）

weixin_44015821 — Fri, 01 May 2020 13:00:48 +0800

1.什么是闭包？函数对其周围状态（语法环境）的引用捆绑在一起构成了闭包。也就是说，闭包可以让你从内部函数访问外部函数。在JS中，每个函数被创建时，都会在函数生成时形成闭包。 2.语法作用域： function init(){ var name = '每天脱发也不能秃头'; /name是一个被init创建的局部变量 function displayName(){ //displayName...

对JS中执行上下文的一些理解（结合实例更好理解）

weixin_44015821 — Thu, 30 Apr 2020 12:05:39 +0800

1.什么是执行上下文？当前JavaScript代码被解析和执行时所在环境的抽象概念。JS中运行的任何代码都是在执行上下文中运行的。 2.执行上下文的类型有3种，分别为： (1)全局执行上下文：这是最基础的默认的执行上下文。不在任何函数中的代码都位于全局执行上下文中。它做了两件事情： [1].创建了一个全局对象，在浏览器中的全局对象为window对象。 [2].将this指针指向这个全局对象。注...

JS中的this(通过几个例子可以加深理解)

weixin_44015821 — Tue, 28 Apr 2020 09:57:32 +0800

1.首先说一下this指向的规则： this的指向在函数的定义时是确定不了的，只有函数执行时才能确定this到底指向谁，实际上 this最终的指向是那个调用它执行它的那个对象。 2.下面通过几个例子加深理解一下例子1： function a（）{ var user = “每天脱发也不能秃”; console.log(this.user); //undefined console.log(...

对JS中操作符的一些理解：[]= =![] =>true,{}= =!{}=>false

weixin_44015821 — Mon, 27 Apr 2020 11:49:22 +0800

首先通过一个典型的例题来加深对上面方法的理解：[]= =![] =>true,{}= =!{}=>false. 1.根据运算符优先级，！的优先级大于= =，所以先计算！[]，！将变量转换为布尔类型。注意：null,undefined,NaN,空字符串(’’)取反为true，其余都为false。以此！[] = false。 2.根据上面的规则，如果有一个操作数为布尔，在比较相等性之前转...

对JS中new操作符的一些理解（如何自己实现一个new函数）

weixin_44015821 — Mon, 27 Apr 2020 11:01:20 +0800

new操作符用于创建一个给定的构造函数的对象实例，举个例子： function Person(name,age){ this.name = name; this.age = age; } const person1 = new Person('Tom',20); console.log(person1); //Person{name:"Tom",age:20} new关...

JS前端模块化

weixin_44015821 — Tue, 12 Nov 2019 14:43:43 +0800

在网页开发早期，JavaScript制作作为一种脚本语言，做一些简单的表单验证或动画实现，那个时候的代码还是很少的，之江将代码写在script标签里面即可。随之Ajax异步请求的出现，慢慢就形成了前后端分离，客户端需要做的事情越来越多，代码量也是与日俱增，为了应对代码量的剧增，我们通常会将代码写在多个js文件中，进行维护，但是这种维护方式，依然不能避免一灾难性的问题，比如全局变量同名问题。而且利用...

Vue组件-插槽

weixin_44015821 — Mon, 11 Nov 2019 20:31:56 +0800

在生活中，很多地方都有插槽，电脑的USB、电源插槽等，插槽的目的是为了让我们原来的设备具备更多的扩展性。组件的插槽是为了让我们封装的组件更加具有扩展性，让使用者可以决定组件内部的一些东西到底展示什么。比如，移动网站中的导航栏。在移动开发中，几乎每个页面都有导航栏，这种导航栏我们必然会封装成一个插槽，比如nav-bar组件，一旦有了这个组件，我们就可以在多个页面中复用了。那么如何封装这类组件呢：...

父子组件之间的通信（二）

weixin_44015821 — Sun, 10 Nov 2019 18:27:02 +0800

上一篇主要使用props属性和emit事件进行父子组件之间的通信，但是这种方法有局限性，父子组件之间通信的内容只能是data，不能整个对象进行传递通信，那么我们子组件怎么调用父组件中的方法呢？子组件如何调用父组件对象，有两种方式： 1.使用$children，但是该方法有一定的局限性，一般不推荐使用。下面通过代码演示如何调用父组件对象。

Vue中父子组件通信的小案例

weixin_44015821 — Sat, 09 Nov 2019 23:43:45 +0800

Vue中父子组件通信的小案例由于父子组件中的data是独立的，所以不能相互直接通信，但是在一些开发中，一些数据往往是需要从上级传递到下层的，比如在一个页面中，我们从服务器请求到了很多数据，其中一部分并非是我们整个页面的大组件展示的，而是需要我们小组件展示，这时，并不会让子组件再次发送一个请求，而是让大组件直接传递给小组件。那么如何进行父子组件之间的通信呢？ 1.父组件向子组件传递消息：通过p...