Linux系统进行RNA-seq分析（数据预处理）

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已于 2024-03-16 00:01:02 修改

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文章标签： linux 数据分析

于 2024-03-07 22:23:56 首次发布

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提本案例数据来自GSE80565,本实验选取两组数据,SRR3418005,SRR3418006,SRR3418019,SRR3418020.

提取fastq文件

确保你已经安装了 sra-tools，并且已经设置好了环境变量。
```
conda activate rna
which fastq-dump
fastq-dump --gzip --split-3 -O /home/lumino/TEST1 SRR3418005
```
conda activate rna：这个命令用于激活名为 “rna” 的 Conda 环境，which fastq-dump：这个命令用于查找系统中关于 fastq-dump 命令的路径，确认系统中是否安装了 fastq-dump 命令，以及确定其可执行文件的位置非常有用。
fastq-dump --gzip --split-3 -O /home/lumino/TEST1 SRR3418005这个命令将下载 SRR3418005 数据集并将其转换为压缩的、拆分后的双端 reads 的 FASTQ 格式文件。在 fastqc 命令中，-o 参数用来指定输出目录，输出的文件将放置在 /home/lumino/TEST1 文件夹中，因为是single end测序方式，只有一端的数据。