weixin_43745169的博客

这几天要在服务器上使用Seurat，结果发现R-3.6.1上怎么都无法安装Seurat，就想安装一个3.5.1版本的R，因为知道这个能用。所以就想使用conda 安装一个特定版本的R在网上找到了一个conda的使用方法，自己记录一下。首先，先使用conda search搜索一下所有源上面可以安装的R版本>conda search RLoading channels: done# N...

做生信分析时要使用deeptools这个包，包是用python写的，使用python setup.py install --prefix /home/ltf/package/deepTools-3.3.0将程序安装到服务器自己的账户上，然后在~/.bashrc这个环境变量中加入路径PATH=/home/ltf/package/deepTools-3.3.0/bin:$PATHsourc...

一些强大的单行命令1,输出in.txt文件的第 2，4 列awk '{print $2,$4}' in.txt2,输出第四列为’yes‘的行awk '$4=="yes"' in.txt3,输出第四列不为’yes‘的行awk '$4!="yes"' in.txt4,输出第三列满足正则表达式的行（不满足的话在~前加！即可）awk '$3 ~ /^[a-g]/' in.txt...

在linux服务器上，很多软件都是使用python2写的。但是现在写脚本一般都是使用python3 的，所以需要将python3也装上去。一个很简单的方法就是直接下载，然后设置软链，将python3也装上去，但是安装需要root权限，像我这种新手，还没有接触到root。所以，最后找到了一个简单的方法：通过虚拟环境将其装上去。听起来很麻烦，其实很简单，几行命令就可以了。在命令行：(base)...

最近写脚本的时候，发现了python的一个bug>>>a='accepted_hits.bam'>>> a.rstrip('.bam')'accepted_hits'这个很正常>>> pre='accepted_hits'>>> a='%s.sam'%pre>>> a.rstrip('.sam...