DeepSurvk部署教程
作者:千树、Totoro
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Pypi项目地址
https://pypi.org/project/deepsurvk/
一、DeepSurvk简介
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项目作者原话(翻译)
DeepSurv 是一种 Cox 比例风险深度神经网络,用于模拟患者协变量与治疗效果之间的相互作用。它最初是由Katzman等人提出的。al(2018)并在Theano中实现(使用Lasagne)。
不幸的是,不再支持Theano。已经有一些尝试在其他DL平台上重新创建DeepSurv,例如czifan的DeepSurv.pytorch。然而,鉴于它的受欢迎程度和易用性,我认为TensorFlow 2的Keras是完成这项任务的一个很好的选择。
Mexchy1000 创建DeepSurv_Keras。然而,它是一个非常原始的原型:它没有被适当的记录或验证。此外,它不再得到积极支持。因此,我将其作为开发DeepSurvK的粗略起点。
这是我的第一个 Python 包。我相信有很多地方可以改进。随时欢迎反馈!
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前言
写这篇文章的目的是为了记录安装deepsurvk中遇到的种种问题和解决方法,也为将要使用deepsurvk的同学们提供参考。deepsurvk安装过程中,由于库比较多,容易出现版本不兼容问题,一旦装错,就得重新再来。朋友要使用deepsurvk做实验,我在帮她安装deepsurvk的过程中遇到了很多问题,后面花了两天时间才解决。于是就打算写一篇博客记录下来帮助后来者减少时间浪费,也总结在安装过程中遇到的经验教训。
二、安装环境
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python环境
python3.7.0: https://www.python.org/downloads/release/python-370/
安装过程中请确保自己可以找到自己的安装目录,我的安装目录
D:\Environment\python\python3.7.0
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IDE
三、新建项目
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1.新建虚拟环境项目
建虚拟目录的好处是可以和原先的目录隔离,避免包的版本冲突
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2.在pycharm的终端(terminal)运行命令
pip install deepsurvk
要在pycharm的终端中运行命令,cmd中运行命令会安装到默认的库,模拟环境有自己的库
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3.使用
pip show deepsurvk
查看是否安装成功 -
4.由于包比较多,安装会比较费事,不想用命令行安装的同学可以直接下载,放在
E:\ProgramDevelopmentProject\pycharmProject\pythonProject1\deep_survk_project\Lib\site-packages
目录下面链接:https://share.weiyun.com/0S28yDMZ 密码:kww9ue
复制过程中,重复的文件可以直接跳过
四、代码测试
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测试代码
import os import pandas as pd import deepsurvk import t