sra-tool 中的prefetch更改下载文件的保存路径

本文介绍如何通过命令行操作配置SRA Toolkit的vdb-config。主要包括找到安装路径下的bin文件夹并运行配置命令,通过鼠标控制选项及使用键盘快捷键完成设置。

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(一切皆是命令行操作)首先找到你安装sra-toolkit的路径,然后打开bin文件夹,在当前文件夹输入如下命令:

./vdb-config -i

接着查看官方的操作(点击转到官方链接)。可以用鼠标控制选项,然后按回车键确认,如果想要保存需要用tab键,最终还是要跳到最开始的对话框,鼠标点击到[6 save],回车确定保存,然后[7 exit]退出,回到命令行。

### 使用 `sra-tools` 实现 Linux 后台自动下载 NCBI SRA 数据库中的序列文件 为了实现在 Linux 系统中使用 `sra-toolkit` 自动化并后台下载来自 NCBI SRA 数据库的序列文件,需遵循以下方法: #### 安装 sra-toolkit 确保已经正确安装了最新版本的 `sra-toolkit`。可以通过官方文档获取最新的安装指南[^1]。 #### 准备工作 创建一个脚本文件来管理批量下载任务。此脚本会读取包含多个 SRR 编号列表的 `.txt` 文件,并调用 `prefetch` 命令逐个下载对应的 SRA 文件到本地磁盘。 ```bash #!/bin/bash # 设置环境变量 export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin/ # 创建日志目录 LOG_DIR="./logs" mkdir -p $LOG_DIR # 批量处理SRR编号列表 while read line; do echo "正在下载 ${line}" # 调用 prefetch 下载 SRA 文件并将输出重定向至日志文件 nohup prefetch "$line" &> "${LOG_DIR}/${line}.log" & done < SRR_Acc_List.txt ``` 上述 Bash 脚本实现了自动化下载流程,其中每条命令都附加了 `&>` 符号以便将标准输出和错误流导向单独的日志文件保存;而 `nohup ... &` 则允许这些进程在终端关闭后继续运行于后台环境中[^2]。 #### 配置定时任务(可选) 如果希望定期执行该批处理操作,则可通过设置 cron job 来安排固定时间间隔的任务调度。编辑用户的 crontab 文件以加入新的计划任务定义: ```bash crontab -e ``` 向文件末尾追加一行如下所示的内容,表示每天凌晨两点钟启动一次批量下载作业: ```cron 0 2 * * * /full/path/to/download_script.sh >> ~/batch_download.log 2>&1 ``` 这样就完成了整个基于 Linux 平台利用 `sra-toolkit` 进行高效、稳定的数据抓取方案的设计与实施[^3]。
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