
分子生物学
weixin_43364556
这个作者很懒,什么都没留下…
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同源性 相似性 一致性
同源性原创 2021-05-10 21:43:03 · 7421 阅读 · 0 评论 -
Paratope和Epitope
Paratope和Epitope分别指的是抗体结合的区域以及抗原结合的区域(Paratope是抗体的一部分,Epitope是抗原的一部分)。一个抗原分子可能有多个抗原决定簇也就是指多个抗原表位。关于epitope抗体识别抗原的时候并不是需要对整个抗原分子进行识别,而是对抗原分子上一些特征部位进行识别,就像是我们认出来一个人,只看脸即可,而不需要把整个人都看一遍才知道是谁。这些特征的部位就是我们的抗原表位(epitope)。一个蛋白可以有多个表位,同时抗体作为蛋白也是一种抗原。目前有两种类型的表位:连续原创 2021-01-22 16:36:18 · 1958 阅读 · 0 评论 -
mRNA疫苗一些知识
2020年是疫情肆虐的一年,同时也是mRNA疫苗爆发的一年,为什么会关注到mRNA疫苗呢?与传统的灭活疫苗的不同之处在哪里呢?这里的信息可以参考文献:Advances in mRNA Vaccines for Infectious Diseases文章目录一些知识核酸疫苗的优点mRNA疫苗的不同形式一些知识疫苗是我们日常预防疾病的有效手段,天花,牛痘,狂犬病等。只不疫苗随着人们的认知的深入,它的形式也在不断的变化。之前我们常用的疫苗形式为灭活的病原微生物。比如可以采用热处理,化学处理,弱化活性的.原创 2021-01-08 14:16:03 · 1645 阅读 · 0 评论 -
blast中evalue和bitscore的理解
blast中筛选结果时,bitscaore和evalue是重要的指标,其含义对于数据的筛选有指导意义文章目录bitscore含义evalue含义示例bitscore含义bitscore的概念与序列相似性较为类似,bitscore越大,序列相似性越高。bitscore的内在含义在于,我拿出来N个随机序列,这N条序列序列中能够找出像目前这种相似性的序列。最后再取log2得到的值。因此,bitscore越大,这种相似性出现的概率就会越低,这种概率是随着bitscore的值的增加呈指数变化的。这里可.原创 2020-07-03 10:15:11 · 15569 阅读 · 0 评论 -
类药五原则(Lipinski rules)以及抗体发现中的类药五原则
具体原则分子量小于500氢键给体数目小于5氢键受体数目小于10脂水分配系数小于5应用范围小分子药物原创 2020-06-18 11:35:28 · 16460 阅读 · 0 评论 -
生物信息预测毒力因子
毒力因子(Virulence Factors)毒力因子也就是病原微生物产生的对于导致宿主疾病发生的一类分子(可以是蛋白,碳水化合物,脂质分子等)。毒力因子在疾病的发生过程中发挥着多种功能,包括向宿主迁移和集群,攻击宿主的防御机制,免疫抑制,从宿主细胞中获得养分,介导从宿主细胞中的进入和外出以及感知环境的变化。找出这种分子十分重要,并且这些分子可以用来进行疫苗的研发。表面定位的毒力因子比如粘附蛋白是一类出色的免疫靶点。文献中主要是叙述对于预测粘附蛋白的一些预测生物信息学方法。发现毒力因子以及其免疫圆形然后原创 2020-06-12 15:29:22 · 13233 阅读 · 1 评论 -
diamond安装与使用
diamond是一个新型的blast软件,优势有:1.成对的蛋白序列比对,翻译的DNA序列比对(是blast速度的500-20000倍)2.长的read的框移比对3.需要较低的计算机配置4.各种各样的输出格式,包括blast的pairwise格式,tabular格式,xml以及物种分类等等格式。安装二进制格式安装下载数据,二进制格式wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.31/diamond-lin.原创 2020-06-11 13:49:51 · 8748 阅读 · 0 评论 -
关于启动子预测
文章目录关于启动子预测工具promoterHunterPhagePromoterBacPPiPro54-PseKNC(2014发表)iPro70-PseKNC(2019发表)BDGPBPROMCNNPromoter_bPromoter 2.0Berkeley Drosophila Genome Project关于启动子启动子概念见维基百科,一个比较笼统的解释为在转录起始的阶段,RNA聚合酶需要...原创 2020-05-08 13:25:38 · 14314 阅读 · 0 评论