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weixin_43364556
这个作者很懒,什么都没留下…
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corrplot作图
相关性作图与其他常见的柱状图等不太一样,两个类别型的变量加上数值以及正负变量等需要展示在图形中,因此相关性的作图有一个专用的R包,corrplot,这里只是记录一下学习过程中的一些列子,便于下次回顾。文章目录常用参数methodtypeaddcolbgtitleis.corrdiagoutline常用参数methodmethod参数用来控制图形的显示方式,比如用数字或者图形及其对应的属性来表示相关性,使用图形的话又可以使用什么样的形状等,可选的参数有:circlecorrplot(cor.原创 2020-07-02 21:58:23 · 2936 阅读 · 1 评论 -
不兼容的量度
在做相关性分析的过程中提示,不兼容的量度具体提示信息:Error in cor(TP53_expr, ratio_cells, method = “pearson”) : 不兼容的量度原因主要是维度上有问题,在做相关性分析的时候要保持两个矩阵或者数据框的行数一致,这是前提,在比较之前检查一下,行列数目颠倒时,利用转置函数t转置一下就可以了相关代码如下:> mat1<-matrix(seq(1:10))> mat2<-matrix(seq(1:20),ncol = 2.原创 2020-06-06 15:10:44 · 8599 阅读 · 1 评论 -
关于 错误: 无法分配大小为558.9 Mb的矢量的解决办法
最近在处理一部分TCGA的数据的过程中,发现总是报错,清理完内存之后还是报错,通过查阅发现需要调整R自身的内存分配的限制解决办法#首先检查当前的内存限制> memory.limit()> 1600#表示当前只有1.6M的内存分配的能力#重新设置内存限制memory.limit(1000000)#这次设置约为1G内存,然后问题就解决了,虽然设置是1G,但是实际的使用会远...原创 2020-01-03 15:12:09 · 29237 阅读 · 3 评论 -
R 包randomForest中set.seed()的作用
set.seed()的作用和用法在利用随机数的时候,我们每次产生的随机数都会有不同,但是有时候需要这些数据具有一定的重复性,但是随机数如何保证随机性呢?在获取随机数的时候给随机数一个种子,后续产生的随机数会是一个固定的随机数数列。比如#前两个随机数列没有指定一个种子,因此随机数的输出结果不同> x<-rnorm(10)> x [1] 1.29409348 1.3...原创 2018-12-20 16:42:28 · 1801 阅读 · 0 评论