批量nii文件转换成png格式（用于处理胰腺数据）

最新推荐文章于 2024-10-10 19:19:42 发布

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最新推荐文章于 2024-10-10 19:19:42 发布 · 3.2k 阅读

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#nii #png #胰腺

这篇博客提供了将nii格式的胰腺数据批量转换为png的代码，但注意该方法不适用于存在噪声的ADNI数据集。推荐使用链接中提供的ADNI数据处理代码。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

这篇博客代码在胰腺数据中可以用，但是用于ADNI数据保存的图像都是噪声，不能用。

下面的链接是用于ADNI数据集的代码，个人觉得还是下面链接中的代码稍微好用些，因为不会报错：

https://blog.youkuaiyun.com/weixin_43330946/article/details/89576759

from PIL import Image
import numpy as np
import os
import nibabel as nib
import imageio

def read_and_save_niifile(niifile):
    filenames = os.listdir(filepath)
    img_k_list = []

    for f in filenames:
        img_path = os.path.join(filepath, f)
        img = nib.load(img_path)
        img_fdata = img.get_fdata() #(512, 512, 110)
        fname = f.replace('.nii', '')

        img_k_path = os.path.join(imgfile,fname)
        if not os.path.exists(img_k_path):
            os.mkdir(img_k_path)

        for i in range(img.shape[2]):
            fn = fname+'_'+str(i).zfill(3)+'.png'
            img_ks_path = os.path.join(img_k_path,fn)

            img_ks = img[:,:,i]

            img_