JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除

最新推荐文章于 2024-11-03 22:51:21 发布
最新推荐文章于 2024-11-03 22:51:21 发布
阅读量869 收藏
点赞数 1
文章标签： json
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_43316345/article/details/115582829
版权
本文档详细介绍了如何在JBrowse基因组浏览器中进行FASTA和GFF文件的导入及删除操作。首先，通过bin/prepare-refseqs.pl命令导入FASTA文件，分析了生成的refSeqs.json文件。接着，演示了导入新的FASTA文件，并指出只需删除相关文件夹即可完成删除操作。对于GFF文件，同样先介绍导入步骤，然后说明删除时需清除关联的TestData-json代码和tracks文件夹中的内容。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

JBrowse基因组浏览器2-FASTA和GFF文件的导入、删除

以下是通过学习官方文档，然后总结出的

初始化导入

1.导入FASTA文件

bin/prepare-refseqs.pl --fasta docs/tutorial/data_files/volvox.fa

2.导入GFF注释文件

bin/flatfile-to-json.pl --gff path/to/my.gff3 --trackType CanvasFeatures --trackLabel mygff

FASTA文件的导入 删除

1.FASTA文件的导入

bin/prepare-refseqs.pl --fasta xxxx.fa

（1）分析
根据文档http://gmod.org/wiki/JBrowse_Configuration_Guide#Reference_Sequences
发现初始化测试数据时候bin/prepare-refseqs.pl --fasta docs/tutorial/data_files/volvox.fa（第一步）
在项目目录下生成一个新的目录data，
在这里插入图片描述
进去之后，发现有几个文件，再次进入seq文件夹
在这里插入图片描述
查看refSeqs

最低0.47元/天 解锁文章
给GFF3格式文件添加fasta格式
xxxxx
03-31 3738
给GFF3格式文件添加fasta格式　　是不是没见过带有序列的gff3格式。为啥这么做，这就要说到我最近在做的东西了。Jbrowse是一款基因组可视化浏览器。可以将基因组可视化以及大部分以基因组为基础的可视化，比如reads、SNP、QTL、GWAS、gene。支持fasta,bam,vcf,gff3等格式文件。说了这么多，给个实例，自己慢慢体会。同时附上官网地址和Genome Biology上的论
开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇：使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse...
weixin_34238642的博客
08-09 1501
开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇：使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse 系统：Arch LinuxJBrowse版本：1.12.1 假设JBrowse安装目录为：/www/jb假设下载保存路径为：/pub1/dl假设JBrowse安装的服务器为：http://localhost:3003 本文是开源基因组浏览器JBr...
jbrowse-plugin-gdc:用于与 GDC 资源集成的 JBrowse 2 插件
08-04
jbrowse-plugin-gdc NCI 基因组数据共享 ( ) 的 JBrowse 2 插件 安装 用于 无需安装 用于 yarn add jbrowse-plugin-gdc 用法 在 发展 git clone https://github.com/GMOD/jbrowse-plugin-gdc.git cd jbrowse-plugin-gdc yarn yarn start 然后打开 JBrowse Web 到（假设它在端口 3000 上运行）： 演示 生产 添加到 JBrowse Web 配置的“插件”： { " plugins " : [ { " name " : " GDC " , " url " : " https://unpkg.com/jbrowse-plugin-gdc/dist/jbrowse-plugin-gd
基因组浏览器Jbrowse2使用和配置，支持多种格式的基因组文件
Opticalproperti的博客
04-21 8540
如何简单使用jbrowse2基因组浏览器
JBrowse使用说明：参考基因组准备
weixin_34214500的博客
09-29 726
准备参考序列 注意:这一步必须在后续步骤之前运行。 通常，我们需要准备一个物种的基因组fasta文件，当然RNA和protein都是没有问题。通过prepare-refseqs.pl格式化生成的track，这为后续所有文件提供一个坐标，一直放大后参考序列的碱基也会显示出来。生成的track 会为后续所有文...
JBrowse2：1000Genomes可视化
weixin_42594968的博客
10-05 1224
项目结构： html： <h1>We're using JBrowse Linear View!</h1> <div> <div id="jbrowse_linear_view" style="min-height:700px;"></div> <script type="module" src="../static/js/jbrowse/assemblymanage.js" ></script> </div>
基于html 和javascript搭建基因组浏览器 ---Jbrowse（附代码，并说清楚踩坑之处）
weixin_51192038的博客
05-09 2407
由于自己的项目缺少一部分可以展示的基因组浏览器，看到很多网站都用了jbrowse这个浏览器，所以我也跟着学习了一下，并放在了自己的项目里。 下面说下学习方法： 我是根据官方文档学习的： https://jbrowse.org/jb2/docs/tutorials/embed_linear_genome_view/01_introduction/ 1、安装jbrowse 我用的npm安装的 #在终端安装 npm install -g @jbrowse/cli #安装之后，在终端输入下面这行命令，看看是否会出
基因组浏览器Jbrowse2的配置和使用
最新发布
weixin_51210882的博客
11-03 868
这会将配置代码输出到config.json 文件（如果尚不存在），或者将新程序集附加到该配置文件（如果存在）。它还会将 genome.fa 和 genome.fa.fai 复制到/jbrowse2/jbrowsedata 文件夹，因为我们使用了 --load copy。注意 track配置只能配置一个assembly，如果配置了多个assembly需要指定当前的 assemblyName，那么需要在当前的添加track的代码中加上。进入文件路径，可以看到新生成的config.json文件。
jbrowse-components：具有JBrowse 2 Web，JBrowse 2桌面等的Monorepo
02-23
jbrowse-components Monorepo使用Lerna和Yarn工作区，其中包含许多用于下一代JBrowse开发的相关软件包。 主页 文件 先决条件 （节点10或更高） 安装（Linux / Mac） 只需克隆git repo并在根存储库中运行yarn git clone https://github.com/GMOD/jbrowse-components.git cd jbrowse-components yarn 安装（Windows） # Make sure you check out line-endings as-is by running # `git config --global core.autocrlf false` # Also, make sure symlinks are enabled by running # `git config
jbrowse基因组浏览器部署
m0_37680131的博客
11-30 1255
然后进入项目make 和make install。track.conf文件配置。
jbrowse-plugin-list:JBrowse 2插件商店的插件列表
04-07
JBrowse 2插件列表 该存储库包含JBrowse 2插件存储中插件的元数据。 将插件添加到商店 我们欢迎在商店中添加新的插件！ 要添加您的插件，请将必要的数据添加到plugins.json文件的末尾，然后将PR提交到此存储库。 使用以下数据描述了一个插件： name：插件名称 authors：插件作者姓名的数组 description：插件提供的功能的简短描述 location：包含插件源代码的存储库的URL。 url：插件文件所在的URL。 这使插件的潜在用户可以在其配置中使用此URL，以将插件包含在其应用程序中。 如果您将软件包发布到NPM，自动为软件包创建一个 。 例如， msaview插件的URL是https://unpkg.com/jbrowse-plugin-msaview/dist/jbrowse-plugin-msaview.umd.production.min
jbrowse-plugin-biowasm:尝试使用@biowasmaioli（WIP）演示JBrowse 2插件
03-05
jbrowse-plugin-biowasm
jbrowse-plugin-ideogram:JBrowse 2插件用于渲染表意文字
05-01
jbrowse-plugin-ideogram 这是展示jbrowse 2内部表意文字的演示 截屏 显示二倍体人类基因组 笔记 使用出色的库进行渲染
jbrowse, 用JavaScript和HTML5构建的现代基因组浏览器.zip
09-19
jbrowse, 用JavaScript和HTML5构建的现代基因组浏览器 安装 JBrowseJBrowse的用户应该从 http://jbrowse.org/install 站点的主JBrowse站点获得它，这里有官方发布。通常建议从主分支安装用于开发目的。 原因之一是开发版本的初始负载比发布包慢得
jbrowse2 [idx_check_range] Region cannot be stored in a tbi index. Try using a csi inde
Int321的博客
02-26 510
修改config.json。ln -s 原地址。
Jbrowse染色体片段的显示的配置方法
破晓
09-18 2198
使用gff3格式的数据，通过jbrowse自带的perl脚本进行转化，具体命令实例如下所示： bin/flatfile-to-json.pl --gff data_files/小鼠.GRCm38.78.gff --trackType CanvasFeatures --out sample_data/json/Guinea_pigs --trackLabel Guinea_pigs    
linux系统fasta程序,fasta格式文件处理大全（一）
weixin_29973077的博客
05-01 4908
前面我们介绍了fastq格式文件的处理，大概有20多个案例，掌握了这些案例，后面拿到fastq格式之后就可以根据需求，使用合适的软件工具进行处理了，从这次内容开始，我们将逐渐介绍fasta格式文件的处理。相比于fastq格式，fasta格式处理更加容易。1 文件格式介绍FASTA文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格式，一般以扩展名fa,fas...
Microsoft Web Browser控件的常用功能
Huuyoo的专栏
11-13 3971
  微软的Web Browse控件使用方法，选择菜单 Project -> Add to Project -> Components and controls…，在弹出的对话框中选择Registered ActiveX Controls文件夹，然后选中列表中的Microfost Web 浏览控件。或者编辑对话框资源时，右键单击选择Insert ActiveX控件选项，也可以在列表中选择该控件
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

yanyanxiaobaobei

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值