SimpleITK学习笔记

本文介绍SimpleITK的基础使用方法,包括如何读取DICOM文件及序列,并获取图像的基本信息如大小、像素间距等。同时,提供详细的代码示例帮助读者快速上手。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

(一)SimpleITK学习基础
simpleitk是专门处理医学影像的软件
![size:图像在各维度的像素个数

spacing:图像各维度上像素之间的距离(物理层面的,有单位,一般为mm)

physical extent:图像在物理空间中的大小

Origin:图像原点的坐标(物理层面的,有单位,一般为mm,与spacing保持一致)

direction:采用方向余弦矩阵](https://img-blog.csdnimg.cn/20190403133513974.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl80MzE0OTcwMA==,size_16,color_FFFFFF,t_70)

读取dicom文件
file = sitk.ReadImage(filepath)
获取基本信息,大小,像素间距,坐标原点,方向
file.GetSize()
file.GetOrigin()
file.GetSpacing()
file.GetDirection()
读取dicom序列
reader = sitk.ImageSeriesReader()
reader.MetaDataDictionaryArrayUpdateOn()#这一步是加载公开的元信息
reader.LoadPrivateTagsOn()#这一步是加载私有的元信息
series_IDs = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(directorypath)#根据文件夹获取序列ID,一个文件夹里面通常是一个病人的所有切片,会分为好几个序列
dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames( directorypath,series_ID)#选取其中一个序列ID,获得该序列的若干文件名
reader.SetFileNames(dicom_names)#设置文件名
image3D = reader.Execute()#读取dicom序列

引用参考https://www.cnblogs.com/wzyuan/p/10495946.html

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