SimpleITK学习笔记

（一）SimpleITK学习基础
simpleitk是专门处理医学影像的软件
![size：图像在各维度的像素个数

spacing：图像各维度上像素之间的距离（物理层面的，有单位，一般为mm)

physical extent：图像在物理空间中的大小

Origin：图像原点的坐标（物理层面的，有单位，一般为mm，与spacing保持一致）

direction：采用方向余弦矩阵](https://img-blog.csdnimg.cn/20190403133513974.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl80MzE0OTcwMA==,size_16,color_FFFFFF,t_70)

读取dicom文件
file = sitk.ReadImage(filepath)
获取基本信息，大小，像素间距，坐标原点，方向
file.GetSize()
file.GetOrigin()
file.GetSpacing()
file.GetDirection()
读取dicom序列
reader = sitk.ImageSeriesReader()
reader.MetaDataDictionaryArrayUpdateOn()#这一步是加载公开的元信息
reader.LoadPrivateTagsOn()#这一步是加载私有的元信息
series_IDs = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(directorypath)#根据文件夹获取序列ID,一个文件夹里面通常是一个病人的所有切片，会分为好几个序列
dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames( directorypath,series_ID)#选取其中一个序列ID,获得该序列的若干文件名
reader.SetFileNames(dicom_names)#设置文件名
image3D = reader.Execute()#读取dicom序列

引用参考https://www.cnblogs.com/wzyuan/p/10495946.html