Drug discovery

基于药效团组合协同学习和分子模拟的结构感知双靶点药物设计。

RCSB PDB - 7CX2: Cryo-EM structure of the PGE2-bound EP2-Gs complexCryo-EM structure of the PGE2-bound EP2-Gs complexRCSB PDB - 7CX3: Cryo-EM structure of the Taprenepag-bound EP2-Gs complexCryo-EM structure of the Taprenepag-bound EP2-Gs complexRCSB PDB -

例如上述这张图，你想知道配体和那些氨基酸连接在一起了？此时直接茶轩序号前面的三个字母就可以了，按照下面的对照表进行描述。

OpenPharmacophore：它的实例：T009-基于配体的药效团：Pmapper - 3D pharmacophore signatures and fingerprints：

一类是具有相同药理作用的类似物，它们具有某种基本结构，即相同的化学结构部分如磺胺类药物、局麻药、受体阻断剂、拟肾上腺素药物等;另一类是一组化学结构完全不同的分子，但它们以相同的机理与同一受体结合，产生同样的药理作用，如己烯雌酚的化学结构比较简单，但因其立体构象与雌二醇相似，也具有雌激素样作用。药效团是基于药效特征元素为基础建立的模型。药效特征元素主要分为七种，包括: 氢键供体、氢键受体、正负电荷中心、芳环中心、疏水基团、亲水基团以及几何构象体积冲撞。一个有效的药效团模型，一般包含3-5个有效的药效团元素。

这些片段可能与多个目标作用，导致假阳性结果。为了避免药物研发中的误导性结果，科学家们通常会对候选化合物库进行筛选，剔除其中包含PAINS片段的化合物。PAINS大致分为两类：对第一类来说，化合物在测试浓度下在溶液中形成胶体，蛋白被包裹在胶体中，底物因此无法接近酶的活性中心，因此这些化合物属于假阳性化合物；对于第二类来说，这些化合物的活性基团可以与蛋白受体形成共价作用，进而导致受体受到抑制，但这种抑制很难逆转，同时这些具有PAINS性质的配体可以与大多数靶点发生反应，缺乏特异性。