关于TASSEL_5的一个小问题

最新推荐文章于 2025-03-28 21:38:15 发布
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请问如何在linux系统下通过命令用TASSEL中的 Sort Genotype File功能对.VCF文件重新排序？

hx_purple
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Linux环境下安装TASSEL_5_standalone
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【代码】Linux环境下安装TASSEL_5_standalone。
Windows版TASSEL5的下载及安装
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TASSEL5是一款用于研究表型和基因型关系的软件，由美国康奈尔大学Buckler实验室所研发。，选择Windows环境安装包下载并安装。1.安装成功后TASSEL5界面。
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用于基因关联分析
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用于关联分析，获得分子标记与性状之间的关系，为找到目标基因提供最基本的定位信息。
TASSEL 关联分析软件最新版本
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做功能基因定位的生物狗基本都知道，经过10来年的发展，关联分析与连锁分析一样，已经成为一项基本工具，广泛应用于动植物功能基因挖掘中。在动植物（尤其是植物）的关联分析中，TASSEL软件是最早出现的开源软件，相对于其他软件，TASSEL也是使用的最广泛的
TASSEL:TASSEL是一种生物信息学软件包-开源
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TASSEL（Trait Analysis ...对于开发者来说，这是一个深入理解TASSEL内部工作原理、定制功能或者开发新插件的好资源。源代码的学习和研究有助于提升对TASSEL的理解，同时也能为生物信息学研究提供更高级别的定制服务。
tassel集成软件
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很优秀的数据多态性分析软件，具有强大的分析功能和数据可视化功能
GWAS全基因组关联分析：TASSEL 5.0 Windows版软件使用教程
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TASSEL的官方网站：https://tassel.bitbucket.io/ 在TASSEL的下载文件夹中…\TASSEL5\TutorialData有示例数据 用此数据进行演示 依次为基因型数据、亲缘关系、表现型数据（这里面包含了分群、表型性状、群体结构）、群体结构、表型性状。 实际只用到基因型数据、群体结构、和表型性状。TASSEL是可以通过基因型数据计算亲缘关系的。 一、加载数据 点击File → Open 将基因型数据、群体结构和表型性状导入进来。（mdp_genotype.hmp、mdp_p
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式：tassel vcftools方法汇总
邓飞----育种数据分析之放飞自我
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参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境：linux系统 2. 安装软件 首先，要安装anaconda或者miniconda，然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法： https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https...
Tassel教程
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Tassel主要是研究基因型与表现型之间的关系。有多种功能，包括：关联分析、评估进化关系、主成分分析、聚类分析、推断缺失数据、数据的可视化。
tassel用户指南
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进行关联分析的专业指南 熟练掌握关联分析不可缺少的教程
TASSEL GWAS分析用的
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GWAS（1）——文件格式及linux上的转换
小八四爱吃甜食的博客
03-05 8713
目录数据格式hapmapvcf数据格式转换hmp转plink 数据格式 hapmap hapmap格式的介绍网站：https://max.book118.com/html/2017/0524/108715467.shtm 主要是存储基因型的文件。 vcf VCF是用于描述SNP，INDEL，SV的文本文件。是GATK表示遗传变异的一种文件格式。 详细介绍见网站：https://www.internationalgenome.org/wiki/Analysis/vcf4.0/ 第一部分是注释信息，以##开头。
全基因组关联分析（GWAS）软件：Tassel5
Gossie的博客
03-12 5666
Tassel 是比较经典的关联分析软件，但是因为运行速度没有优势，所以在重测序等数据量比较大的研究中不太常用。这是记录一下Tassel5 命令行进行关联分析的过程。 参考： Tassel5：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/Home MLM：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/MLM/MLM 1. 计算kinship run_pipeli
Linux系统下TASSEL5.0的安装及使用
Pele_Lee的博客
11-30 7652
之前做SSR标记和简化测序都是用的桌面化的TASSEL进行运算，对于做关联分析的初学者非常简单，十分好入门。但是关于命令行的操作就要麻烦一些，但是运算起来不像GAPIT那样消耗大量的内存，下面做一些简单的示例。 安装 Java JDK 8.0的安装 java下载下载地址 #下载 wget http://download.oracle.com/otn-pub/java/jdk/8u...
TASSEL软件导入plink格式文件报错
邓飞----育种数据分析之放飞自我
08-08 846
之前介绍过Excel的SNP数据（Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式），转为plink的方法，如果要导入plink格式中，会报错： 报错：显示超过区间 problem: string index out of range: 30 file 因为plink编码的是AA TT的格式，变为A A T T的格式才可以。 报错的plink数据：可以看到GG CC两个是连续的。 用--recode处理一下，变为test再进行读取： plink --file file --recode --out t
基于tassel的混合线性模型计算流程
2301_79620943的博客
10-22 461
其中“--chr-set ”为染色体条数多于23条时，自主设置染色体条数用，因为plink是为人类染色体设计，所以默认为23条，在未添加此参数时，识别23条以上染色体时会出错，这里我研究的样本是24条染色体的，故设置为24，下同。在Open As中选择“plink”格式，打开之前生成的map与ped文件，即经过质控过滤的基因型文件。选择计算kinship得出的文件与刚才三合一的文件，计算MLM模型。按ctrl选中表型文件，基因型文件，pca计算文件合并。选择基因型文件，计算kinship。
#include <timer.h> void TIM_init(void) { TA0CTL|= TASSEL_1 + MC_1 + TACLR + ID_3; //2^15/2^3=2^12; TA0CCTL1 |= CCIE; TA0EX0 |= TAIDEX_3; //2^10 1024hz; TA0CCR0 = 1024; TA1CTL |= TASSEL_1+TACLR; TA1CCTL1 = OUTMOD_7; TA1CCR0 = 16484; TA1CCR1 = 8096; TA1CTL |= MC_0; } void GPIO_init(void) { P2DIR &= ~(BIT4+BIT5); //输入 P2DIR |= BIT0; P2SEL |= BIT0; //定时器输出 } 这段代码是什么意思
06-10
5. TA1CTL |= TASSEL_1+TACLR;：这行代码设置 TA1 定时器的时钟源为 ACLK（TASSEL_1）并清零计数器（TACLR）。 6. TA1CCTL1 = OUTMOD_7;：这行代码设置 TA1 的第 1 个捕获比较器输出模式为“复位 / 设置模式”...
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