生物信息学软件测试工程师,科学网—龙芯生物信息学软件应用测试 - 赵加栋的博文...

1.平台情况我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！#由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g内存

Linux debian 3.2.0-4-loongson-2f #1 Debian 3.2.51-1 mips64 GNU/Linux

total used free shared buffers cached

Mem: 1007 932 75 0 185 613

-/+ buffers/cache: 133 874

Swap: 391 0 391

system type: lemote-yeeloong-2f-8.9inches

processor: 0

cpu model: ICT Loongson-2 V0.3 FPU V0.1

BogoMIPS: 528.38

wait instruction: yes

microsecond timers: yes

tlb_entries: 64

由于十年前的产品，性能就不提了，至少是我们国家的自主产品。2.FASTQC测试当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc。首先，fastqc是基于java的，所以，先安装java，好在龙芯已经移植了，很简单，下载，解压就行。#java下载安装

wget http://ftp.loongnix.org/toolch ... ar.gz

tar zxvf jdk6-mips32-rc30.tar.gz

#由于这台机器的环境变量搞不定，就直接路径运行了。

~/test/test-z/j2sdk-image/bin/java -version

java version "1.6.0-internal"

OpenJDK Runtime Environment (build 1.6.0-internal-loongson_14_nov_2016_08_24-b00)

OpenJDK Server VM (build 14.0-b16, mixed mode)

#fastqc下载解压

wget http://www.bioinformatics.babr ... 5.zip #最新版本竟然ok

unzip fastqc_v0.11.5.zip

./fastqc

-bash: ./fastqc: 权限不够

chmod 777 fastqc

./fastqc

Can't exec "java": 没有那个文件或目录 at ./fastqc line 277. vi fastqc #把java路径改为~/test-z/j2sdk-image/bin/java ./fastqc -v FastQC v0.11.5 #可以了，搞定 ./fastqc ../../test-data/A_1.fastq ../../test-data/A_2.fastq Started analysis of A_1.fastq Approx 50% complete for A_1.fastq Approx 100% complete for A_1.fastq Analysis complete for A_1.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Started analysis of A_2.fastq Approx 50% complete for A_2.fastq Approx 100% complete for A_2.fastq Analysis complete for A_2.fastq Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" Default case invoked for: opcode = 84, "ConvL2F" #最后两行不清楚什么情况，有点小问题，不管了，至少还能用。看了一下结果，ok的，正常。

开心地看到了正确的质控结果图片！3.picard也是基于java的，试了一下，没有运行成功，龙芯3a应该是可以的，用jdk8发现运行不起来，这个测试不通过。wget https://github.com/broadinstit ... d.jar

#提示java太老了，需要更新，由于只是测试，好像jdk8

Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: picard/cmdline/PicardCommandLine : Unsupported major.minor version 52.0

4.gatk也是基于java的，也只支持jdk1.8及以上版本。龙芯3a应该可以。5.bwa-samtools只提供x86版本二进制文件，所以难以搞定。6.pythonwget https://www.python.org/ftp/pyt ... 3.tgz

tar zxvf Python-3.6.3.tgz

./configure

make #可以正常使用，R,perl也是如此。

综上，用龙芯做生物信息短期内来看还是不现实的，因为生物信息学领域许多软件只提供x86版本二进制文件，java、python、R和perl版的软件还是可以正常运行的。

http://www.zd200572.com/2017/10/19/loongson-bioinformatics/

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