<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[weixin_42492403的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; weixin_42492403]]></copyright><item><title><![CDATA[C++头文件搜索路径]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/107510644</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/107510644</guid><author>weixin_42492403</author><pubDate>Wed, 22 Jul 2020 12:28:01 +0800</pubDate><description><![CDATA[C和C++中include 搜索路径的一般形式

对于include 搜索的路径：

　　C中可以通过 #include &lt;stdio.h&gt; 和 #include "stidio.h" ，区别是：

　　在UNIX系统中,尖括号告诉编译器在一个或者多个标准系统目录中找到文件 /usr/include /usr/local/include；即系统头文件所在的目录。

　　看看这些文件夹下是否有该头文件；如果没有，也不会检索当前文件所在路径，并将报错。

　　使用双引号,编译器先到当前目录查找头文件]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[NV生物信息平台bencmark安装过程]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/107234823</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/107234823</guid><author>weixin_42492403</author><pubDate>Thu, 09 Jul 2020 18:18:25 +0800</pubDate><description><![CDATA[问题描述:

Cmake 指定高版本的gcc可以编译通过项目，但是不带测试实例，如果要安装测试实例官网

给的编译参数是:

-Dgw_enable_benchmarks=ON

但是使用完以后并没有生成相应的测试程序只生成了readme，将make过程打印出来后可以看到readme的路径。



进行cmake定位发现是否生成benchmark的测试程序是有一个if判断:



再次定位这个变量:



只有当cga_enable_benchmarks为真的时候才会将enable_benchmark...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[安装英伟达GenomeWorks的一些错误记录]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/107199019</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/107199019</guid><author>weixin_42492403</author><pubDate>Wed, 08 Jul 2020 13:54:08 +0800</pubDate><description><![CDATA[一 环境准备

项目地址

https://github.com/clara-parabricks/GenomeWorks

软件说明写的很清楚，要满足gcc，cmake，python，cuda的版本要求。

使用了docker构建了基础环境，镜像模板为centos7,gcc4.8.5,cuda10.2,cmake2.8。除了cuda满足了要求其他都不满足，经过一系列升级后，满足了版本要求。

#升级GCC

gcc 升级采用了源码安装，官网下载的太慢可以使用镜像网站下载。

gcc 下载地址http://]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[HIP编程笔记(一)]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/106867691</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/106867691</guid><author>weixin_42492403</author><pubDate>Mon, 22 Jun 2020 12:26:56 +0800</pubDate><description><![CDATA[HIP支持的API：


	Devices (hipSetDevice(), hipGetDeviceProperties())
	
	
	Memory management (hipMalloc(), hipMemcpy(), hipFree())
	
	
	Streams (hipStreamCreate(),hipStreamSynchronize(), hipStreamWaitEvent())
	
	
	Events (hipEventRecord(), hipEventElapsedTime(.]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[全局比对和局部比对在生物信息方面的应用]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/106835870</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/106835870</guid><author>weixin_42492403</author><pubDate>Thu, 18 Jun 2020 15:22:16 +0800</pubDate><description><![CDATA[基 因学的一个主要主题就是比较 DNA 序列并尝试找出两个序列的公共部分。如果两个 DNA 序列有类似的公共子序列，那么这些两个序列很可能是同源的 。在比对两个序列时，不仅要考虑完全匹配的字符，还要考虑一个序列中的空格或间隙（或者，相反地，要考虑另一个序列中的插入部分）和不匹配，这两个方面都 可能意味着突变。在序列比对中，需要找到最优的比对（最优比对大致是指要将匹配的数量最大化，将空格和不匹配的数量最小化）。如果要更正式些，您可以确定 一个分数，为匹配的字符添加分数、为空格和不匹配的字符减去分数。



.]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[python 画图以时间为坐标轴]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/93587972</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/93587972</guid><author>weixin_42492403</author><pubDate>Tue, 25 Jun 2019 08:41:24 +0800</pubDate><description><![CDATA[import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from pandas import Series,DataFrame
import seaborn as sns
import matplotlib.dates as mdate
import sys


#sep指定分隔符,header首行是列名,读取...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[python 画图总结]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/93587614</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42492403/article/details/93587614</guid><author>weixin_42492403</author><pubDate>Tue, 25 Jun 2019 08:31:10 +0800</pubDate><description><![CDATA[import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from pandas import Series,DataFrame
import seaborn as sns
import sys

#sep指定分隔符,header首行是列名,读取时error_bad_lines去掉报错的行
df = pd.rea...]]></description><category></category></item></channel></rss>