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作者:闫霄龙
本文为极市原创,授权转载可联系小助手(Extreme-Vision)
今天想给大家推荐一个非常好用的开源的图像处理工具ImagePy,作者之前有在极市进行过图像处理的分享。
ImagePy是基于Python开发的开源图像处理框架,采用wxpython界面基础,基于
Numpy为核心图像数据结构,pandas为核心表格数据结构,并支持任何基于Numpy,pandas的插件扩展,可以方便的接入scipy.ndimage,scikit-image, simpleitk, opencv等算法库进行插件扩展。
GitHub:https://github.com/Image-Py/imagepy
总览,鼠标测量,几何变换,滤波,分割,计数等
习惯ImageJ的用户可以在Windows > Windows Style进行风格切换
特点:软件具有友好的用户操作界面,能读取,保存多种图像数据格式,支持ROI设定,绘图,测量等鼠标操作。能完成图像滤波,形态学运算等常规操作,可以很好的完成一些分割,区域计数,几何测量,密度分析相关的工作。并可以对分析结果进行数据筛选,过滤,统计等相关工作。(软件功能定位可以理解为ImageJ + SPSS,虽然目前尚未达到)
论文:ImagePy: an open-source,Python-based and platform-independent software package for bioimage analysis
链接:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/18/3238/4989871
论坛:ImagePy 是forum.image.sc的合作伙伴,任何关于ImagePy的开发及使用上的问题都可以在https://forum.image.sc讨论。
安装过程可能遇到的问题
系统支持:ImagePy支持Python2.7及3.x,但强烈推荐大家使用python3.ImagePy 是一个基于 wxpython 的 ui 框架,wxpython在linux 上不能用 pip 进行安装。你需要从https://extras.wxpython.org/wxPython4/extras/linux下载和你的 linux 系统相匹配的 whl文件。
因为 ImagePy 会编写一些配置信息,因此,在 linux 和 mac 系统上,可能会存在权限问题,所以请从 sudo 命令启动。如果使用 pip 安装,请按照下面的方法来添加用户参数:pip install --user imagepy。
如果在 anaconda 虚拟环境中安装 ImagePy,那么你可能会遇到这样的错误:This program needsaccess to the screen. Please run with a Framework build of python, and onlywhen you are logged in on the main display,如果遇到这个问题,请用pythonw-m imagepy启动。
功能简介:
ImagePy具有非常丰富的功能,而这里,我们仅仅用一个特定的例子,来对ImagePy进行一个初步的认识,我们这里选取