oriRNA的博客

转录组学-蛋白质组学联合分析mRNA与蛋白质均存在的基因将基于参考基因得到的蛋白质鉴定结果与转录组结果进行关联分析，用于验证mRNA可变剪接。当某一个蛋白被鉴定到且在转录组水平有表达信息时，被认为关联到。相关性分析将在蛋白水平和转录水平关联到的所有可定量数据进行关联分析，计算Pearson相关系数，得到蛋白和 mRNA表达的相关性，并在相关分析中，按照蛋白和mRNA表达量的变化将关联分析分成4类，...

R语言中文本清理textclean包textclean是一组清理和规范化文本的工具。其中许多工具都是从qdap软件包中获取的，并且经过修改后更加直观，命名更好，速度更快。工具适用于检查不适合分析的子串，并用更多分析友好的子串替换或删除它们（规范化）（参见Sproat，Black，Chen，Kumar，Ostendorf，＆Richards，2001，doi：10.1006 / csla...

在医学统计学中，有三个关于比值的概念，分别为相对危险度（relative risk，RR，也称 risk ratio）、风险比（hazard ratio，HR）和优势比（odds ratio，OR）。很多同行一看见这三个概念就容易混绕。在此，笔者拟谈谈如何正确理解这三个概念的区别和联系。目录RR(Relative Risk) - 相对危险度OR(Odd Ratio) - 比值比HR...

计算队列研究的相对风险度(Calculating Relative Risks for a Cohort Study)生物医学统计数据中一种非常常见的数据集是一项队列研究，在这项研究中，您可以了解接触某些治疗或环境的人（例如，服用某种药物的人或吸烟的人）以及是否同样的人有特定的疾病。您的数据集看起来像这样： Disease Control Exposed 15...

rm(list = ls())gc()library(ggplot2)data(mtcars)?mtcars#cyl:气缸数，mpg：英里/加仑，gear：档数ggplot(mtcars, aes(x=factor(cyl), y=mpg, fill=factor(gear), colour=factor(gear))) + geom_point(position = posit...

https://www.nature.com/articles/nsmb.2678We extracted miRNA-mRNA pairs with strong negative REC score (REC < −6.2, FDR < 2 × 10−4, 4,584 pairs with less than one estimated false positive) and ...

基因表达，漂亮火山图rm(list = ls())getwd()#ctrl+shift+h切换工作目录library(EnhancedVolcano)library(DESeq2)library(airway)library(magrittr)data('airway')# %<>%复合赋值操作符， 功能与 %>% 基本是一样的，但多了一项额外的操作，就...