python读取dicom图像（SimpleITK和dicom包实现）

最新推荐文章于 2025-04-17 07:37:48 发布

weixin_41783077

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分类专栏：代码文章标签： python读dicom图像医学图像读取 SimpleITK dicom

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本文介绍如何使用SimpleITK和PyDicom库读取DICOM图像序列及单张图像，展示了读取、显示及修改图像像素值的方法。通过Python代码示例，读者可以学习到如何从文件路径读取DICOM系列图像，将其转换为数组，以及如何使用PyLab显示图像。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

1. 用SimpleITK读取dicom序列：

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'

reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
reader.SetFileNames(img_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x

reader = sitk.ImageSeriesReader()
mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
reader.SetFileNames(mask_names)
mask = reader.Execute()
mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示：

import dicom  
import pylab   

ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")   
pixel_bytes = ds.PixelData  
  
##CT值组成了一个矩阵  
pix = ds.pixel_array  
  
##读取显示图片  
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)  
pylab.show()

如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：

##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成PixelData  
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300  
    if val < 300:  
        ds.pixel_array.flat[n]=0  
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring()  
ds.save_as("newfilename.dcm")

3. 此外，用pydicom也可读取dicom图像