【生信笔记】eigenstrat convert to vcf format

weixin_41772125

已于 2023-03-01 15:28:22 修改

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分类专栏：生信文件文章标签： github git

于 2023-02-27 10:24:03 首次发布

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本文提供了一个步骤指南，演示如何使用pyEigenstrat和gdc库在Python2.7环境下将Eigenstrat格式的文件转换为vcf格式。首先，下载并安装两个库，然后运行pythoneigenstrat2vcf.py脚本进行转换。此外，提到了一个GitHub资源，该资源包含了更多关于PLINK、EIG和VCF文件操作的信息。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

先安装pyEigenstrat，注意使用版本2.7的python

wget https://github.com/mathii/pyEigenstrat/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
cd pyEigenstrat-master
python setup.py build
python setup.py install

再安装gdc，同样是python 2.7

wget https://github.com/mathii/gdc/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
cd gdc-master

运行转换文件命令：

python eigenstrat2vcf.py -r your-eigenstrat-file-prefix |bgzip > out.vcf.gz

PS.

这个网站上总结了 eigenstrat vcf plink 三种文件转换的方法

https://github.com/ACAD-UofA/Guide-to-manipulating-PLINK-EIG-and-VCF-files