在超算集群上离线安装Julia及Julia包

最近需要在超算计群上运行julia代码,然而我们的集群上没有julia包的本地镜像,又不能联网,简直是为难我胖虎。

在这里插入图片描述
经多方查找,发现知乎上一位老哥帮了我的大忙,以下是他的链接:
在超算集群上离线安装Julia及Julia包

然而他的做法与我的还有那么0.01% 的不同,以下我就把我的做法简要介绍一下。

1. 安装julia(在超算集群上)

我的集群上已经配置好了conda本地镜像,所以我就直接通过conda在虚拟环境中安装julia,在已经创建好的虚拟环境中

conda install -c conda-forge julia

关于conda安装以及虚拟环境创建、激活等操作,可以查看本人以前的文章:
Linux平台安装julia

2. 在可以联网的本地电脑上安装julia并下载安装所需要的包

  • 设置环境变量,将julia源改为国内源,linux系统可采用如下方法

    export JULIA_PKG_SERVER=https://mirrors.cernet.edu.cn/julia
    

    其他配置方法参考《Julia 软件仓库镜像使用帮助

  • 进入julia环境,安装所需要的包。以下提供两种安装方法:
    方法1: 按下“]”键,然后使用以下命令安装,其中“name_pkg”是所需要安装的包的名。

    add name_pkg
    

    如图所示
    在这里插入图片描述
    方法2:
    在julia环境中执行如下命令

    using Pkg
    Pkg.add("name_pkg1");
    Pkg.add("name_pkg2");
    ...
    

3. 使用sftp、scp、rz/sz 等方法将本地电脑上存放julia包的目录上传到超算集群,替换掉超算集群上的相应目录。如果不知道该目录具体位置,可分别在本地电脑和超算集群查看环境变量

echo $JULIA_DEPOT_PATH

我习惯使用scp,命令如下

scp -r /the/path/of/JULIA_DEPOT_PATH  username@ip.of.super.computer:/the/path/of/JULIA_DEPOT_PATH

4. 在超算集群上使用已上传的包

进入julia环境,可直接using name_pkg,但第一次使用时会有提示信息

[ Info: Precompiling name_pkg [xxxxxxxxxxx]

也可以用下图方法一次性build所有包

using Pkg
Pkg.build()

在这里插入图片描述

后面就可以欢快地使用了!!

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