深度学习:乳腺论文Deep Multi-instance Networks with Sparse Label Assignment for Whole Mammogram

本文介绍了针对乳腺X线照片的深度多实例学习方法,结合稀疏性和标签分配策略,提高肿块分类准确性。通过端到端训练,网络直接对整个图像进行分类,避免了传统多阶段方法的局限性,同时利用图像中恶性区域的稀疏性进行优化。实验表明,这种方法在无分割或检测注释的情况下,性能优于先前工作。

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参考论文解析:https://blog.youkuaiyun.com/Coralccccc/article/details/73956702

论文翻译:https://blog.youkuaiyun.com/u014264373/article/details/79581655

标题:Deep Multi-instance Networks with Sparse Label Assignment for Whole Mammogram Classification
来源:MICCAI 2017
作者:Wentao Zhu, Qi Lou, Yeeleng Scott Vang, and Xiaohui Xie

解决的问题:肿块分类


现有方法 : 多阶段集成。将mass classification分成3个模块:detection, segmentation, classification。
存在的问题:

① 除了每个模块自身的性能问题,这个框架需要单独训练每个模块。多阶段不能完全挖掘出深度神经网络的力量。

② 需要很多ground truth信息 : bbox for detection, segmentation map, mass label。标定这些GT信息,很耗人力。

③ 需要手工特征。

本文方法: end-to-end (端到端)+ multi-instance learning(MIL)
   输入:乳腺图像,图像的标签(正常图像 Vs 恶性肿块图像)
   输出:对于新的乳腺图像,判断它的标签

(ps. 此处正常图像包括:不含肿块图像&良性肿块图像)

本文方法具体介绍

一、MIL

假设一个bag上有多个instance。一个instance被分类为positive,bag就被认为是positive;所有instance都被分类为negative,bag才被认为是negative。对应到乳腺图像分析上,将一个image分成多个patch。一个patch被分类为恶性肿块区域,image就被认为是恶性肿块图像;所有patch都被分类为正常乳腺组织,image就被认为是正常图像。于是,本文只考虑image上是恶性肿块概率最大的那个patch,它的良恶性就决定了整幅图像的性质。

如何利用MIL:它是基于原始整个乳房X光图片进行分类。它将每个乳房X光照片的patch看做示例,将整个乳房X光照片看做a bag of instances即上面说的包。那么这个分类问题可以看做是标准的MIL问题。

二、方法的整个过程(如图所示)

作为一个实例,整个乳房X线照片被视为一袋实例。 整体乳房X线照相分类问题可以被认为是一个标准的多实例学习问题。 因此,我们提出了三种不同的方案,即最大池 maxpooling标签分配 label assignment稀疏性sparsity,为整体进行深入的多实例学习乳房X线照片分类任务.

网络结构:多个卷积层,一个线性回归层,排序层,多实例损失层

1) 预处理,将乳腺区域分割出来。

  • 首先使用大津方法(类内方差最小,类间方差最大)来移除背景同时resize到227*227

2)用CNN对图像提取特征。此处用的是AlexNet,提取的是它最后一个卷积层,也就是第五个卷积层的特征。由于AlexNet的输入大小限制,这里将图像resize成227*227的,经过Alex-net的5个卷积层后,得到256个6*6的feature map。

  • 使用AlexNet中的卷积层,提取它最后一个卷积层的特征。最后会得到6*6*256的feature map---》变成6*6*1的feature
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