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LIDC数据集由xml提取小结节和非结节
注:小结节是指只有一个坐标的结节,它与其他结节的区别是没有characteristics。from xml.dom.minidom import parse# 解析xmldef parseXML(xml_path): nodules_coor = [] non_nodules_coor = [] domTree = parse(xml_path) # print(domTree) # <xml.dom.minidom.Document object at 0原创 2021-06-22 15:20:19 · 781 阅读 · 0 评论 -
CT图像-- 针对direction影响的准确处理
前言常见CT图像格式有.mhd(.raw),.dcm,.nii.gz。进行深度学习研究时,一般都需由CT图像获取数组。CT图像的direction通常为(1,0,0,0,1,0,0,0,1),但也有其他情况,比如(-1,0,0,0,-1,0,0,0,1)。若:(1)已知CT图像中某点的世界坐标,想获取其像素坐标;或(2)已知某点的像素坐标,想获取其世界坐标;则需考虑direction的影响!处理办法已知CT图像中某点的世界坐标w_co,想获取其像素坐标v_cov_co = np.ab原创 2021-03-25 16:01:05 · 787 阅读 · 2 评论 -
医学图像格式转换 -- .dcm转为.nii.gz
注: 代码主要根据 dcm2nii.多张dcm 文件转换成nii等其他格式的存储。 进行函数整合,感谢原作者!#coding=utf-8import SimpleITK as sitkdef dcm2nii(dcms_path, nii_path): # 构建dicom序列文件阅读器,并执行(即将dicom序列文件“打包整合”) reader = sitk.ImageSeriesReader() dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileName原创 2021-02-25 11:25:07 · 10208 阅读 · 10 评论 -
NLP在医学领域的应用(更新中)
文章目录1. 前言2. 具体应用2.1 文本挖掘2.1.1 命名实体识别2.1.1.1 研究背景2.1.1.2 典型应用及应用方法2.1.1.2.1 基于启发式规则的方法2.1.1.2.2 基于字典的方法2.1.1.2.3 基于机器学习的方法2.1.2 关系抽取2.1.2.1 研究背景2.1.2.2 典型应用及应用方法2.1.3 文本分类2.1.3.1 研究背景2.1.3.2 典型应用及应用方法2.1.4 文本聚类2.1.4.1 研究背景2.1.4.2 典型应用及应用方法2.1.5 共现分析2.1.5.1原创 2021-01-29 11:00:50 · 10943 阅读 · 2 评论 -
自然语言处理学习资料
自然语言处理在医学领域的应用自然语言处理在医学领域中的应用原创 2021-01-28 14:34:48 · 211 阅读 · 0 评论 -
关于pgm类型医学图像的学习
原数据(可能是)十六进制;pgm文件是b’xxx’后的二进制文件(打开后乱码);以ord(yyy)读取每一个字节数据集:DDSMpgm转png代码:def convert_pgm_P5(in_path, out_path): """ 将pgm文件转换成其它图像格式 读取二进制文件,先读取幻数,再读取宽和高,以及最大值 :param in_path: 输入pgm文件路径 :param out_path: 输出文件路径 """ if not is_.原创 2020-07-31 13:57:43 · 328 阅读 · 0 评论 -
SimpleITK -- 对自己学习有帮助的资源集锦/个人笔记
前言:学无止境,在学习SimpleITK的理论及使用方法时,有以下文章及github开源代码为我提供了很大帮助,特此附上链接,表示感谢!希望对您也有参考借鉴的意义!个人笔记部分仅供参考,主要针对个人学习阶段,起查缺补漏之作用。学习资源SimpleITK的英文版文档链接个人笔记借鉴https://blog.youkuaiyun.com/iamcfb_/article/details/86600645;...原创 2020-04-14 16:39:23 · 453 阅读 · 0 评论 -
SimpleITK等解析医学图像
前言通过学习以下文章,开始入门医学图像。现附上原文链接,感谢博主们的帮助!同时附上学习总结(多为博主原文),以方便后续复习补充。1. Luna16数据集2. 转载:医疗图像处理...原创 2020-03-19 16:36:51 · 3095 阅读 · 2 评论