使用gsds绘制基因结构图_原来可以用R这么画基因结构图

本文介绍了如何利用R包gggenes绘制基因结构图。通过安装gggenes,准备包含基因信息的数据,然后使用geom_gene_arrow()和geom_gene_label()函数进行作图,展示了包括基因方向和名称在内的详细结构。此外,还提到了展示基因结构域特征的方法。

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gggenes是一款基于ggplot2开发的R包,可以很方便的画出下图所示的基因结构图。

1.安装R包直接从CRAN官方源来安装:

install.packages("gggenes")

或者从github下载安装:

devtools::install_github("wilkox/gggenes")

2. 准备输入数据

官方给的例子如下:

> head(example_genes)

molecule gene start end strand direction

1 Genome5 genA 405113 407035 forward 1

2 Genome5 genB 407035 407916 forward 1

3 Genome5 genC 407927 408394 forward 1

4 Genome5 genD 408387 408737 reverse -1

5 Genome5 genE 408751 409830 forward 1

6 Genome5 genF 409836 410315 forward 1

输入数据应该包含6列,分别代表:物种名 基因名 起始位置 结束位置 基因方向 基因方向

如果不需要考虑画出基因方向的话,只需要前4列数据就行:物种名,基因名,起始位置,结束位置

如果加上基因方向,就需要加上 strand 这一列,正负链分用“forward”和“reverse”表示。示例数据中的 direction 这一列是多余的,并不会被用到。

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