python-openslide

最新推荐文章于 2024-11-05 23:38:16 发布

颐水风华

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分类专栏：图像算法/视频处理

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本文介绍了OpenSlide官网及下载安装方法，展示了利用其读取大图并下采样显示的示例。同时详细解释了OpenSlide的多个参数及用法，如读取图像、关闭图像，还说明了幻灯片级别数、不同级别下的宽高、下采样因子等概念。

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openslide官网http://openslide.org/api/python/
可以下载使用，并安装
安装方法：

sudo pip install openslide-tools
sudo pip install python-openslide

下面贴一个自己利用openslide读取的大图，并进行下采样显示：

# -*- coding: utf-8 -*-
#coding:utf-8import openslide
import numpy
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import scipy.miscimport

timestart=time.time()
source=openslide.open_slide("/home/ccf/CCF/Colorecal-cancer_FCN/data/svs/2017-01-15-02-55-11.ndpi")    
#filelist=os.listdir(source)
#该文件夹下所有的文件（包括文件夹）
downsamples=source.level_down
samples[w,h]=source.level_dimensions[0]
size1=int(w*(downsamples[0]/downsamples[2]))
size2=int(h*(downsamples[0]/downsamples[2]))
region=numpy.array(source.read_region((0,0),2,(size1,size2)))
scipy.misc.imsave("/home/ccf/CCF/Colorecal-cancer_FCN/data/save/2017-01-15-02-55-11_2.tif" ,region)
end=time.time()
print(end-start)
#plt.figure()
#plt.imshow(region)
#plt.show()
#print (region)

大家看看就好，可以借鉴一下，写的不好
下面解释一些openslide的里面的一下参数，并说明用法
（1）、opensilde.OpenSlide(filename)——读取图像

source=openslide.open_slide("/home/ccf/CCF/Colorecal-cancer_FCN/data/svs/2017-01-15-02-55-11.ndpi")

（2）、close()——关闭图像

slide.close()

level_count——幻灯片中的级别数。级别从0（最高分辨率）到level_count - 1（最低分辨率）编号。这里没理解slide级别数是什么意思，代码返回为10,可能应该是slide的层数，比如40倍，20倍，10倍等有多少层

level_count = slide.level_count 
print 'level_count = ',level_count

上述代码得到 level_count = 10
（3）、dimensions （width， height）在0级别下，也就是最高分辨率的情况下slide的宽和高（元组）

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的（宽，高）    
print (m,n)

（4）、level_dimensions[k] 得到（width， height）元组，k下级别k，是指在k水平下的下面举例就知道k的意思，每张全扫描最高级别是0，也就是最高分辨率，这个分辨率在不同的全扫描图片中是不一样的，有的第0层是40倍，第二层是10倍，而有的第0层是20倍，第二层是10倍，k指对应的层数

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #级别k，且k必须是整数，下采样因子和k有关      
print (m1,n1)      # m1 = m/下采样因子 此时k为1

（5）、level_downsamples 每一个级别K的对应的下采样因子，下采样因子应该对应一个倍率

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]      
print slide_level_downsamples

（6）、get_best_level_for_sownsample(downsample) 对给定的下采样因子返回一个下采样级别，downsamples必须是浮点数

 slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)
 print slide_downsamples

（7）、read_region(location, level, size) 返回一个RGBA图像，包含指定区域的内容。location指0级别下左上角位置的坐标，元组，level指级别，整数，size是（width， height）是元组，

 tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (size1,size2)))