学计算机的怎样分析TCGA数据库,通过聊天的方式分析TCGA数据库

之前我们介绍过一些用来预测基因在肿瘤当中表达情况的数据库。例如，GEPIA、UALCAN这些的。这些的数据库主要是通过输入目标基因，同时点击想要进行分析的模块就可以返回相关的结果。如果厌倦了点点点的话，那可以了解一下今天介绍的这个工具，这个工具可以通过对话框进行聊天就可以把分析做了的网站：DrBioRight(https://drbioright.org/landing/)。

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背景数据库

这个数据库目前主要还是用来进行肿瘤相关基因预测的。目前主要包括的还是TCGA的数据以及一些ICGC当中泛癌的数据。其中TCGA里面可以分析基因的拷贝数、基因表达、突变、以及甲基化。另外也包括一些ccle(肿瘤细胞系表达、突变和拷贝数数据库)、target(儿童肿瘤相关测序数据)。我们可以通过对话框来询问有多少数据。

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基本分析

目前这个数据库主要针对的还是肿瘤方面的分析。主要可以做一些基因表达方面的预后分析，差异表达分析等等。

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关于使用方面，我们只需要输入关键词即可。比如我们想要看TP53基因表达和预后的关系，我们就可以输入: "tp53 gene expression and overall survival"。然后系统就会提示我们怎么往下输入。然后就可以得到结果了。这个结果可以直接下载下来。

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另外由于TCGA是多组学的数据，我们也可以分析比如突变对于预后的影响，或者甲基化对于预后的影响。主要我们在输入的时候把"gene expression "改变成其他自己想要分析的组学即可。

流程化分析

以上这些是基于背景数据库来进行分析的。但是这个流程化的分析就可以基于SRA公共测序的数据进行分析的。我们可以输入SRR编号，这个数据库后台就可以给我们进行基本的上游数据分析了。

由于是测序数据的分析。后台需要一定的现分析的时间。所以需要时间等待的。但是对于不会使用代码进行基本分析的同学而言，这个也是一种可以用来分析SRA数据的方法的。

总的来说

总的来说，这个数据库提供了另外一种进行肿瘤相关分析的方法。和上述GEPIA相比的话，GEPIA主要还是只能分析表达数据。这个则是可以分析多组学的数据结果的。同时的话，如果限定关键词打的准确的话。结果出来的还是很快的。另外，RNA-seq流程化的分析，还是不错的。如果有公共数据库里面的RNA-seq不会分析的。可以试试这个数据库。不过有可能等待时间比较久，有时候也不清楚是网断掉了还是还在分析。