graphpad prism显著性差异分析_Graphpad升级！听说，新功能吊打R语言........

最新推荐文章于 2024-08-16 19:55:50 发布

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文章标签： graphpad prism显著性差异分析

GraphPad Prism 9发布，新增智能统计差异分析、气泡图、PCA和PCR等分析功能，提升数据维度，为科研绘图与统计带来更强大体验。对于熟悉Prism 8的用户，新版本易于过渡。

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GraphPad Prism是一款高效易用的科研绘图工具，集生物统计、曲线拟合和科技绘图于一体，还可用于Windows和Mac操作系统，在生物学以及社会和物理科学界得到广泛使用。

事物都在不断发展与进步， 2020年10月30日，Graphpad公司隆重推出了Graphpad Prism的全新版本Graphpad Prism 9(以下简称Prism 9)！

总的来说，Prism 9与Prism 8很相似，很容易上手，所以广大熟练使用Prism 8的用户可以无缝对接到Prism 9。

相同点无需赘述，那么作为最新版本的Prism 9新在哪里？接下来就让我们一起来围观Prism 9的新功能吧！

更加智能，自动添加多结果统计学差异

在某科研论坛上有一个问题，横线表示p值，可以在prism软件中画出，那每根柱子上面的线表示什么意思，怎么用Prism画出来？

在Prism 9中只需鼠标单击一次既可自动连线并将统计结果添加到图形中，工作效率得到极大的提高：

使用步骤： 1. 打开Prism 9，New table ＆ graph选择Column，输入示例数据：

2. Graphs下选择柱形图加散点，得到基本图形如下：

3. 点击Analyze，对两组数据进行相应的统计学分析，此处进行t检验，点击OK完成统计：

4. 点击Draw下带红色星号( * )的划线工具，即可自动添加连线与统计差异：

双击该工具可以对显示的颜色等信息进行设置，例如Display options可以设置显示具体的p值或星号，Line/bracket and text options可以设置组间连线的粗细及颜色等。此外对存在显著性差异的p值阈值进行设置——P value threshold：

单因素方差分析的自动标记方法与前述类似：

有一个小问题，如果我不想显示没有差异的比较该怎么办？ 那么请双击 自动划线工具 ，点击Comparisons on graph，不勾选不想显示的比较两组，即可去除画线与ns：

新的图形，气泡图和评估图

气泡图(bubble plot)： 可显示多元变量数据，可清晰的呈现多个数据之间的关系。例如，下图显示了X、Y,气泡大小与颜色多元变量之间的关系：

基本步骤为： 1. 打开Prism 9，New table ＆ graph选择Multiple variables，输入数据：

2. 在Create New Graph下的Kind of show选择Bubble Plot，分别选择X轴、Y轴、气泡大小与颜色对应的变量，点击OK即可得到气泡图，后续进行美化与调整：

3. 双击气泡进入Format Graph, Fill Color中Prism 9提供了多种配色方案：Plasma、Viridis、Magma等。

从t检验生成评估图(estimation plot) ：该图形左侧散点显示了Male与Female的原始数据，右侧显示了效应量(平均数差值)及其95%置信区间的大小。如下图所示：如果效应量95%Cl包括0则p>0.05，如95%Cl不包括0，则p<0.05。 需要引起注意的是，目前从t检验生成评估图只适用于t检验(非配对t检验和配对t检验)。

基本步骤为： 1. 打开Prism 9，输入数据得到图形后，点击Analyze进行统计学分析，进行t检验：

2. t检验时进行参数设置，Graphing options处就可以设置是否显示95%置信区间与效应量：

非线性回归的实际与预测图。 残差图是指以某种残差为纵坐标，以其他适宜的量为横坐标的散点图，残差图是进行模型诊断的重要工具。 非线性回归的实际与预测图可以创建五个残差图 (包括新的实际与预测图)，在Prism 8中只能得到一个图。五种残差图如下：

新的分析，主成分分析(PCA)和主成分回归(PCR)

PCA 是一种用于分析多变量数据的方法，可将多个指标化为少数几个综合指标的一种统计分析方法，即通过降维技术把多个变量化为少数几个主成分的方法。

Prism 9 PCA提供的其他功能包括： 1. 通过平行分析选择成分(以及Kaiser方法、总方差阈值法等)； 2. 生成Scree图、Score图和biplot图； 3. 自动准备PCA结果，以便进一步用于多元线性回归。

更高的数据维度

除上述更新外，Prism 9为适应大数据集的分析要求进行了一系列更新，主要涉及 将数据列的上限提高至1024列，可自动识别变量类型，数据表可输入文本信息与自动变量编码等。 当然，本文也不能将Prism 9的所有新功能尽数分享给大家，有兴趣的小伙伴可以去What s new in Prism 9进行学习与探索：https://www.graphpad.com/guides/prism/latest/user-guide/new-organization.htm！