一直在构建版本_利用MEGAX选择模型及构建美化进化树

对于经常构建进化树的朋友来说，MEGA应该是个老朋友了。MEGA从1993年的第一个版本问世一直锤炼到去年刚刚发布的MEGA-X，已经经历了26年，在这期间，MEGA共更新八个版本，先后在Molecular Biology and Evolution、Bioinformatics、Computer Applications in the Biosciences等期刊上发表共十篇论文，总引用量已经超过11万。对于如此熟悉的一个老朋友，让我们今天一起来了解一下它的新版本MEGA-X，开发它更多的使用方法。MEGA-X的官网网址是 https://www.megasoftware.net/，它支持在Windows、MacOS 以及Linux 系统下运行，有图形界面和命令行两个版本可供选择，支持64 位和32 位，与之前的版本比较，MEGA-X 最大的特点是大数据运算能力增强，并且支持多种计算平台。

今天主要介绍的是在MEGA-X图形界面下构建系统发育树并且对发育树进行美化。下载安装好MEGA-X后，首先打开软件。

此处我们以一株细菌的16S rRNA序列为目标序列，首先在NCBI中进行Blast比对，下载将要一起比对和构建进化树的菌株序列。在NCBI中输入序列或者上传文件，选择数据库时可以选择「Nucleotide collection(nr/nt)」或者「16S ribosomal RNA sequences」数据库，一般来说nr/nt库信息比较全面。

我们选择了10个不同种的16S rRNA序列进行下载。另外，此处还可以比对下载2-3条大肠杆菌( Escherichia coli)和沙门氏杆菌( Salmonella)的16S rRNA序列作为外类群(在Organism选项中进行物种限定)，后面推断进化时间的时候可以用到。将所有下载的序列整理在一个文件中，为了方便后面的建树可以将菌株名称后面多余的信息在这里替换删除掉(只是名称上的信息，不要改动碱基序列)，然后将文件的扩展名改为.fasta。在MEGA-X首页选择DATA，点击Open a File/Session，选择刚才的文件。