mo java_MO-JAVA-2.1学习--1

MapBeans是一套基于JavaSwing的地图组件,适用于为Java应用程序添加GIS功能。它包含基础组件Beans,提供地图显示功能,并支持不同数据类型的独立层显示。此外,提供了TableofContents组件用于管理地图层的显示。

Map Beans对象:基于Java Swing的一套组件,通常用来添加地图(Map)到Java 2应用程序或小程序的GUI中。

包括:

Beans:基础组件,可以用来添加GIS功能到一个J2SDK应用程序中。所有MO可视化组件工作在JFC框架下。那么我们可以在IDE中载入MO JAR文件,然后就可以用拖/拽的方式来设计应用程序了。

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Map:提供一种可视化的途径显示你的空间数据。每种数据类型在一个单独的层(Layer)中显示。你通常从一个层源(LayerSource)。层添加到层集(Layerset)中,然后再添加到地图中。地图显示管理工具可以安排各层按正确绘制顺序显示。地图的setExtent方法是绘制地图的基本途径。地图层集中所有层将响应并绘制它们各自的空间数据。另外一个绘制途径是地图的redraw方法,这个方法简单地绘制图层;不改变地图的区域。如果你的应用程序改变层中某属性(比如:已选择或当前选择选项),使用redraw方法。

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Table of Contents:TreeToc(TOC组件)提供一种地图层显示的途径。每个图例节点对应一个层,包括了层标题和一个复选框,通过复选框控制层的显示。图例节点通常还附带一些信息,比如:颜色和被选等级。使用TOC前你必须用地图的setMap方法将它关联到地图中。你可以点击选择一或多个图例节点,这会高亮显示它们。TOC有三种行为来显示图例节点,用setLegendOutofScaleBehaviour方法设置行为。默认是OUT_OF_SCALE_LEGEND_HIDE(当关联的层不符合规定比例尺,图例节点不可见),另外两个是OUT_OF_SCALE_LEGEND_DISABLE(当关联的层不符合规定比例尺,图例节点不可操作)和OUT_OF_SCALE_LEGEND_DO_NOTHING(当关联的层不符合规定比例尺,图例节点保持可见和可操作)。

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AcetateLayers:

Tools

RubberBands

Toolbars

QueryBuilder

Other query dialog boxes

Other dialog boxes

PageLayout

二代reads SNPs,Indels鉴定流程 第一步(质量控制) 使用 fastp 对原始测序数据进行质量过滤,去除低质量的reads和碱基。 fastp -w 32 --detect_adapter_for_pe --cut_front --cut_tail \ --in1 /public/sdb/HuangL/tmp/PycharmProjects/maize_NGS/B73_fastp1.fq.gz \ --in2 /public/sdb/HuangL/tmp/PycharmProjects/maize_NGS/B73_fastp2.fq.gz \ --out1 /home/caocao/PycharmProjects/liu_test/B73.step2.1.fq.gz \ --out2 /home/caocao/PycharmProjects/liu_test/B73.step2.fq.gz \ --report_title "B73" \ --html /home/cao/PycharmProjects/liu_test/B73.html 第二步(比对) 使用 bwa mem 将过滤后的reads比对到参考基因组。 nohup bwa mem -R "@RG\tID:Mo17\tSM:Mo17\tPL:Illumina" -t 32 \ /home/caocao/Reference/Zm-Mo17-REFERENCE-CAU-2.0.fa \ /public/sdb/li_test/B73_fastp1.step1.fq.gz \ /public/sdb/li_test/B73_fastp2.step2.fq.gz \ > /public/sdb/li_test/B73.1.sam 2>/public/sdb/li_test/B73.err & 第三步(转换为BAM格式) 使用 samtools view 将SAM格式转换为BAM格式。 nohup samtools view -@ 32 -b -o /public/sdb/li_test/B73.bam /public/sdb/li_test/B73.sam > /public/sdb/li_test/view.out 2>/public/sdb/li_test/view.err & 第四步(排序BAM文件) 使用 samtools sort 对BAM文件进行排序。 nohup samtools sort -@ 32 -m 2G -T /public/sdb/li_test/tmp -o /public/sdb/li_test/B73.sorted.bam /public/sdb/li_test/B73.bam > /public/sdb/li_test/sort.out 2>/public/sdb/li_test/sort.err & BQSR跳过 第五步(质量控制) 使用 samtools view 进行质量控制,输出高质量的BAM文件。 nohup samtools view -q 20 -b /public/sdb/li_test/B73.sorted.bam > /public/sdb/li_test/B73.output.bam 2>/public/sdb/li_test/B73.error.log & 第六步(索引BAM文件) 使用 samtools index 为BAM文件创建索引。 nohup gatk --java-options "-Xmx10g" MarkDuplicates \ --TMP_DIR /public/sdb/li_test \ --INPUT /public/sdb/li_test/B73.output.bam \ --METRICS_FILE /public/sdb/li_test/B73.markdup_metrics.txt \ --OUTPUT /public/sdb/li_test/B73.sorted.markdup.bam > /public/sdb/li_test/B73.markdup.out 2>/public/sdb/li_test/B73.markdup.err & samtools index -@ 8 /public/sdb/li_test/B73.sorted.markdup.bam 第七步(合并GVCF文件) 使用 gatk HaplotypeCaller 和 CombineGVCFs 合并单个样本的GVCF文件,得到群体水平的变异信息。 .利用gatk中ImportDB与GenotypeVCF子程序对单个样品的gvcf文件进
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07-22
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