shell：按照染色体拆分fasta

最新推荐文章于 2025-12-20 15:12:19 发布
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#linux

shell命令如下：

awk '/^>/{OUT=substr($0,2) ".fasta"} {print > OUT}' <要拆分的.fasta>
大数据领域分布式计算的分布式生物信息学应用
AI天才研究院
05-18 818
生物信息学作为交叉学科，旨在通过计算技术解决生物学问题。近年来，二代测序（NGS）技术使单日数据产出达TB级，三代测序（如PacBio、Oxford Nanopore）更产生超长读长数据，传统计算架构在处理时效、存储容量和计算扩展性上面临严峻挑战。本文聚焦分布式计算如何突破单机限制，实现生物数据的高效存储、并行计算和结果整合，覆盖从基础原理到工程实践的完整技术链条。核心概念：解析分布式计算与生物信息学的技术交集算法实现：通过Python代码演示分布式序列比对与结构预测。
使用awk处理多行fasta文件拆分为单个fasta文件，并去掉后缀^M
qq_41856194的博客
05-16 1826
大文件：31万个序列（我看的文章里面说一小时处理100条序列，这里我用了） 代码如下：把mulfa.fasta文件拆分成单个fasta文件 awk '{if($0~/^>/)a=$0; else{system("echo \\"a"\"\n\""$0a)}}' mulfa.fasta mulfa.fasta文件如下： 生成的单个fasta文件如下： 小文件处理及代码解释如这篇文章所说：http://t.csdn.cn/xTZId 感谢这位大佬 ......
Python蛋白质序列文件（.fasta）拆分
qq_48886435的博客
10-04 5683
Python蛋白质序列文件（.fasta）拆分前言目的代码总结 前言 这是小编的第一篇博客，也是一种尝试，主要记录在python应用中遇到的一些小问题，小编平时做的主要是DNA结合蛋白的识别与预测，需要借助多种软件进行特征提取，如PSI——BLAST，PSIpred等等，小编这次要解决的问题就是小编拿到的原始序列数据为一个fasta文件中包含多个序列，但PSIpred是一条一条跑，因此需要将其拆分 目的 首先给大家看一下小编的文件样式： 这是从某位大佬文献中获得的6个数据集，小编想要通过python编
FASTA文件分割
david10251025的博客
02-22 7297
FASTA格式是一种用于记录序列的文本格式，在生信分析中经常会用到.fasta文件中往往储存成千上万条序列，而在某些时候，需要对文件进行分割，如分割成每个序列一个文件，或分割成较小的fasta文件 假如有如下数据： Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta CM000276.2 tgatttttaggttagaaattgttttttaaacacgtgttcg...
【python拆分fasta文件为多个小的fasta文件】
whiteof的博客
03-23 3579
#将fasta拆分N份 import sys import pandas as pd import os #这里我写了一个判断参数，这里输入参数：fa文件，拆分数，输出文件夹 if len(sys.argv)>3 and len(sys.argv)<5: fasta=sys.argv[1] #读取文件 n=sys.argv[2] #分成数 n=int(n) out_file = sys.argv[3] #路径 #判断目录是否存在，不存在创建 if no.
fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
anyi6536的博客
03-13 1806
格式转换： use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' input.fastq > output.fasta FASTA文件拆分： 1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中 - awk -v RS='>' 'N...
perl应用：从基因组里分割染色体序列
GRC
11-16 4065
染色体的结构： >Chr1 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn >Chr2 ATGCATGC 下面是程序： use strict; use warnings; my $dna_filename; my $DNA0=''; my $DNA1=''; my $DNA2=''; my $DNA3=''; my $DNA4=''; my $DNA5=''; pri
Spark在基因组学大数据处理中的应用
AI天才研究院
05-13 1173
基因组学研究产生的海量数据（如全基因组测序数据、转录组数据、表观基因组数据）对计算平台的存储、处理和分析能力提出了极高要求。传统基于Linux集群的Shell脚本或单机Python工具（如BWA、GATK）在面对PB级数据时，存在计算效率低、资源利用率不足、扩展性差等问题。本文聚焦Spark在基因组学数据处理中的核心应用场景，涵盖数据清洗、序列比对、变异检测、功能注释等关键环节，通过技术原理剖析、算法实现和实战案例，论证Spark在提升基因组学数据分析效率中的技术优势。核心概念。
25、Unix 命令使用指南：grep、输出控制与输入输出重定向
mm9012的博客
12-04 9
本文介绍了Unix系统中常用命令的使用方法，重点讲解了grep命令在文本搜索中的强大功能，包括大小写不敏感搜索、反向匹配、单词边界匹配及多文件搜索等技巧。同时涵盖了cat、head、tail等文件查看命令的应用场景，并通过流程图直观展示选择策略。文章深入探讨了标准输入输出的重定向机制，涵盖>、>>、<等操作符的使用方式与注意事项。结合实际示例演示了如何综合运用这些命令完成复杂任务，如数据提取、文件合并与处理，并针对常见问题提供了实用解决方案，帮助用户高效管理和分析文本数据。
25、Unix命令实用指南：grep、文件查看与输入输出重定向
qsc901234的博客
12-08 5
本文详细介绍了Unix系统中常用的文本处理与进程控制命令，涵盖grep的多种用法、文件查看工具（cat、head、tail）的选择策略，以及输入输出重定向技术。通过实际示例和流程图，帮助读者掌握高效处理文本数据的方法，并提供了综合应用、常见问题解决及进一步学习资源，适合初学者和进阶用户参考实践。
揭秘tcga_mRNA_merge.pl脚本：Perl在生物信息学中实现TCGA数据自动化整合的8个关键技术点
!... # 摘要 随着癌症基因组学的发展，整合TCGA mRNA表达数据成为生物信息学分析的关键步骤。本文系统阐述了Perl脚本tcga_mRNA_merge.pl在多源异构数据整合中的设计原理与技术实现，深入解析其模块化架构、基因标识符...
按文件数目拆分fasta——无事闲写
浮生终有醒
07-15 2662
#!/usr/bin/env perl use warnings; use strict; die "Usage: perl $0 \n" if(@ARGV ne 3); open FA, $ARGV[0] or die $!; $/ = "\n>"; my @fa; while() { chomp; s/^>//; push @fa, $_; }
切割fasta文件的几种方案
薛猫_柳叶刀
08-08 8746
在做blast，muscle等比对时，对于一个较大的fasta
如何将超大fasta文件分割且不影响序列完整度
zxx11542的博客
07-31 3514
fasta文件大于16G的我本人，心情苦痛的写下这篇惨痛的记忆 python的biopython需要建立数据库， 不然会爆内存 biopython相关——5.4 序列文件作为字典：[http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc61] Bio.SeqIO.to_dict()是最灵活但也是最需要内存的选项（请参见5.4.1节 ）...
FASTA序列格式说明
SHMILYRINGPULL的专栏
12-26 9504
fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，所以首先对fasta格式在做详细说明。 下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列： >gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNA AAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATAT
Linux SSH配置密钥文件及免密登录
Tongyao
12-18 131
本文介绍了配置SSH免密登录的详细步骤：1）使用ssh-keygen生成RSA密钥对；2）将公钥加入authorized_keys文件；3）在A机器上传B机器私钥至.ssh目录；4）设置密钥权限为600；5）配置~/.ssh/config文件指定主机、用户和密钥路径；6）通过简化命令实现免密登录。整个过程强调了密钥权限设置的重要性，并提供了完整的配置示例。
【Linux】内网穿透（实操）/打洞
最新发布
2401_83251330的博客
12-20 767
我这里没有记录"，于是，直接将该报文丢弃了，这就是防火墙策略。现在B可以直接去找A：B到A小区保安处说“我找54321号保安亭的A”，保安查登记簿发现8765号保安亭的B在允许名单里，于是放行。利用一台具有公网IP的服务器作为“桥梁”或“中继站”，通过由内网设备主动发起的、持续的连接，在公网与内网之间建立一条虚拟的数据隧道，从而绕过NAT/防火墙的限制。最后，如何验证你的云服务器上的端口是否是可达的，可以被公网访问的，我们可以在cmd使用telnet，如果没有telnet,可以在powershell执行。
Linux字符串处理
HZero
12-16 319
在Linux内核中，字符串处理函数与用户空间的C标准库类似，但为适应内核环境做了优化和调整。
MobaXterm 高效运维实战：从入门到进阶的 Linux 运维 “瑞士军刀” 用法
hy行者勇哥的博客
12-18 815
MobaXterm 作为 Linux 运维的 “全能工具包”，不仅集成了 SSH 终端、SFTP 文件传输、X11 图形转发等基础功能，更隐藏着批量执行、宏命令、会话分组等高级特性，能轻松解决新手常遇到的 “重复操作繁琐”“多服务器切换麻烦”“文件传输低效” 等痛点。本文用 “运维指挥中心” 的通俗比喻，拆解 MobaXterm 的核心架构，针对 Linux 运维中的高频问题，分享可直接上手的高级技巧与自动化脚本案例，帮助新手快速从 “手动跑腿” 升级为 “高效指挥”，大幅提升运维效率。
FASTAdestroyer：C++编写的FASTA文件管理工具
"FASTAdestroyer"这个标题可能暗示了这个项目或软件的目的是对FASTA格式的文件进行操作，而"destroyer"一词可能寓意着它能够执行清理、处理或转换FASTA文件的任务。 ### 描述知识点：FASTA驱逐舰 描述中提到的...
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