首先，这里所说的“三级证书”只指用户的SSL证书是在“受信任的根证书颁发机构”下的“中级证书颁发机构”下颁发的证书，而“二级证书”只指用户的SSL证书是直接在“受信任的根证书颁发机构”下颁发的证书。请注意，这里的级别是指证书路径的级数(Level)，要与证书的身份验证等级(Class)区分开来，Class 3证书的身份认证过程要比Class 2证书的身份认证过程严格。
认为二级证书好的一方主要有两个理由：一是二级证书安装简单，不用安装中级根证书；二是会加快SSL加密协商过程。

而认为三级证书好的也主要有两个理由：一是三级证书的安全性更好，因为CA可以把顶级根证书脱机放在一个安全的地方，而联机颁发证书的是中级根证书，一旦中级根证书遭到破坏，还可以从顶级根证书颁发一个中级根证书来重新给用户颁发证书。但如果让顶级根证书联机颁发证书，则一旦顶级根证书遭到破坏，则是灾难性的损失，使得CA再也无法颁发证书了，因为根证书是无法重新设置的，重新设置的根证书已经不是原来的根证书了；第二个理由是在中级根证书下颁发证书会大大减少证书吊销列表的容量，从而加快每次验证SSL证书有效性的速度。另外，实际上在中级根证书下安装证书同二级证书安装一样容易，因为一般由中级根证书颁发的证书都支持PKCS#7格式(证书中已经含有中级根证书)。

根据微软网站上的有关证书服务文档，微软认为：为了根证书的安全，应该使用脱机的根证书来创建证书层次结构，不同用途的证书使用不用的中级根证书来颁发。同时，证书颁发机构的层次结构也提供了管理上的好处，包括：
* CA 安全环境的灵活配置在安全性和可用性之间达成了一种平衡，如密钥强度、物理保护和网络保护免受***。例如，可以选择在根 CA 上使用具有特别用途的加密硬件，在物理安全区对它进行操作，或脱机进行操作。

* 关闭 CA 层次结构的特定部分而不影响所建立的信任关系的能力。例如，可以很容易地关闭和吊销与特定地理站点相关的颁发 CA 证书，而不会影响单位的其他部分。