R语言-默认镜像设置

问题1:如何设置默认镜像

你希望下载某些R包，因此希望设定默认的CRAN网站镜像，这样R每次下载时不需要你选择镜像。

解决方案

该方案要求用户R系统中包含一个.Rprofile文件，如方法3.16描述的那样：

1.调用chooseCRANmirror函数：

chooseCRANmirror()

R会显示CRAN镜像的列表。

2.从列表中选择镜像并点击确定。

3.通过查看repos选项的第一个元素来获取所选镜像的URL地址：

options("repos")[[1]][1]

4.将下面的命令添加至.Rprofile 文件中：

options(repos="URL")

其中的URL就是镜像的URL。

讨论

在每次安装R包的过程中都会使用相同的CRAN镜像（即离本地最近的镜像地址）。你可能对于R重复地询问选择镜像感到厌烦。按照上述方法所给出的解决方案进行操作，便设定了默认的镜像，R每次就不再询问了。

repos选项是默认镜像的名称。使用chooseCRANmirror函数选择镜像时会有一个重要的副作用，即按照选择来设定repos选项。问题是当R退出时，R不会保存选择的镜像为默认镜像。通过在.Rprofile中对repos进行设定，R在启动时会自动恢复你的设定。

问题2:R包选择镜像以及本地安装

bioconductor选择镜像：
选用中科大镜像 [PS：如果biocLite出错，重新打开R就好了]

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