Entrez检索实例 - NCBI

最新推荐文章于 2025-07-02 15:51:08 发布
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#数据库

本文介绍如何查询来豆荚斑驳病毒(BPMV)的基因组信息、核酸序列信息、蛋白序列信息及结构信息。通过特定数据库，读者可以轻松获取BPMV的基因组概况、核酸详情、蛋白质信息及其三维结构。

题目：已知来豆荚斑驳病毒（bean pod mottle virus，BPMV）的名字，查询BPMV基因组信息、核酸序列信息、蛋白序列信息和结构信息

解答：

1.直接搜索，点genome，即可看到病毒基因组信息

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2.点击Nucleotide，即可查看相关核酸信息

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3.点击Protein即可查看BPMV转录相关蛋白信息

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4.结构数据库查询，点击Structure即可，可以查看晶体结构

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5.下载FASTA格式序列

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67、NCBI Taxonomy for Biological Data
z5a6b的博客
06-12 353
本文详细介绍了NCBI分类数据库的结构、使用方法及其在生物信息学中的广泛应用。从物种鉴定到基因组注释，再到高级数据分析与挖掘，NCBI分类数据库为研究人员提供了强有力的支持。同时，文章还列举了多个应用实例，并提供了常用的工具和技巧，帮助读者更好地利用这一宝贵资源。
python输入一组信息_Python + 生物信息 03 ：用Python操作NCBI
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12-14 1099
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NCBI使用方法
csdnmakeer的专栏
01-17 1万+
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Rosalind工具库: Entrez搜索NCBI资源库
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03-27 420
Introduction to Protein Databases 蛋白质数据库中心UniProt提供了蛋白详细的注释，如功能描述，功能与结构，翻译后修饰。它还支持蛋白相似性搜索，分类分析和文献引用等。 已知给定一个uniprot id,可以通过链接"http://www.uniprot.org/unipro...
查询NCBI的数据库工具Entrez Direct使用详解
最新发布
Gazellewood的博客
07-02 600
EntrezDirect (EDirect) 是NCBI提供的命令行工具，允许用户在Unix终端访问PubMed、基因、序列等数据库。通过安装脚本即可完成部署，主要包含esearch、elink、efilter和efetch等核心程序。esearch进行关键词检索，elink查找相关记录，efilter过滤结果，efetch输出格式化数据。这些工具可通过管道符连接构建复杂查询。文中以家猫样本数据为例，演示了从搜索到输出的完整流程，并介绍了利用EDirect获取SRA数据的方法。
蛋白质结构信息获取与解析（基于Biopython）
weixin_60737527的博客
08-04 5570
基于Biopython蛋白质数据获取与解析
生信数据库ID大总结-想踏入生信大门的你值得拥有
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Yujia's Blog
10-16 2万+
xiangyujia 花了差不多一周写了这个总结，推送在： https://mp.weixin.qq.com/s/LlR2mMqUXxvRSbJBGkuXJA 希望对一些小伙伴有帮助 目录 各大生信资源的使用流行程度 生信数据库的霸主-NCBI以及Entrez检索系统 Gene查找好帮手-Entrez Gene数据库 人类基因命名委员会-HGNC Ensembl计划 NCBI非冗余序列数据库...
entrez检索系统要服务器吗,Entrez检索系统的简介.doc
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07-30 1041
一、Entrez 检索系统的简介Entrez 检索系统是储存和分析关于分子生物学、生物化学和遗传学知识的自动化系统, 是美国国家生物技术信息中心(National Center for Bio technology Information, NCBI) 网站http:// www. Ncbi. nlm. nih. gov/建立的最受欢迎的检索系统之一，它允许用户从NCBI 整合的多个数据库中同时检...
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01-15
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基因组序列genbank格式和fasta格式批量下载
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使用Bio.Entrez解析Medline记录与NCBI Entrez数据库交互
"该文档介绍了如何使用BioPython中的专用解析器，特别是针对NCBI Entrez数据库的访问和数据解析。文档提到了Bio.Entrez.read()函数用于处理大多数Entrez返回的XML文件，以及如何通过指定rettype和retmode参数使用Bio...
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