plink合并文件并更新SNP位置（merge file, update SNP position）

一、合并文件

plink合并文件需要用到“merge”参数

如果是ped和map格式文件，则用以下命令：

plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge

　　

如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令：

plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge

　　

如果都是二进制文件，则用以下命令：

plink --bfile data1 --bmerge data2.bed data2.bim data2.fam --make-bed --out merge

　　

 如果是合并多个文件，则用以下命令：

/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --merge-list batch.txt --make-bed --out batch

　　batch.txt的文件格式如下：

file1.bed file1.bim f