千人基因组(1000 Genomes)提取群体(population)或者样本(sample ID)信息

本文介绍如何从国际基因组网站下载特定人群的基因组样本数据。通过筛选所需的人群,如CHB,并下载列表,即可获取到相应的基因组样本ID及详细信息。

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进入链接:http://www.internationalgenome.org/data-portal/sample

点击“filter by population”,在弹出的选择框里,选择想要下载的population,比如CHB。然后再点击“download the list”

下载后,保存文件即可。

文件格式如下,第一列为CHB的sample ID,其他是该sample对应的详细信息

 

 

转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8566438.html

### 批量下载1000 Genomes Project数据的方法 为了从国际基因组计划(1000 Genomes Project)数据库中根据样本ID列表批量下载数据,可以采用以下方法: #### 使用FTP API进行批量下载 国际基因组计划提供了通过FTP访问其数据的功能。可以通过编写脚本来自动化这一过程。以下是Python脚本的一个示例,用于根据样本ID列表批量下载VCF文件或其他所需的数据类型。 ```python import os from ftplib import FTP def download_files(sample_ids, ftp_base="ftp.1000genomes.ebi.ac.uk", remote_dir="/vol1/ftp/release/20130502"): ftp = FTP(ftp_base) ftp.login() # Anonymous login for sample_id in sample_ids: file_name = f"{sample_id}.vcf.gz" local_file_path = os.path.join("downloads", file_name) try: remote_file_path = os.path.join(remote_dir, file_name) with open(local_file_path, 'wb') as fp: ftp.retrbinary(f'RETR {remote_file_path}', fp.write) print(f"Downloaded: {file_name}") except Exception as e: print(f"Error downloading {file_name}: {e}") ftp.quit() # 示例样本ID列表 sample_list = ["HG00107", "NA19625"] # 替换为实际的样本ID列表 download_files(sample_list) ``` 上述脚本实现了基于样本ID列表自动连接到FTP服务器并下载对应VCF文件的功能[^1]。 #### 利用ENCODE元数据表筛选和下载 如果需要更灵活的方式处理大量样本及其关联数据,还可以参考ENCODE项目中的元数据表格设计思路。尽管这不是直接针对1000 Genomes Plan,但类似的逻辑可以帮助构建自己的元数据分析工具来定位目标文件位置[^3]。 #### 数据库查询辅助 对于进一步了解具体期刊或者出版物提到的相关研究背景资料,则可能需要用到像MeSH Database这样的资源来进行补充检索工作[^2]。不过这一步通常是在完成初步数据获取之后再考虑深入挖掘的内容。 ---
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