JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA

最新推荐文章于 2024-05-28 10:06:07 发布

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本文介绍了一种节省计算资源的方法——使用Jellyfish软件进行kmer分析。通过该软件可以快速并行地完成DNA序列中kmer的计数，避免了自行编写脚本所带来的资源消耗。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

kmer分析其实是非常耗费计算资源的，如果我们自己写脚本来分析kmer的话，首先要将所有的序列打断成一定长度的kmer，然后将所有的kmer存储起来，最后统计每个kmer出现的频率，或者统计出现指定次数的kmer一共有多少个。

为了节省资源，我们可以使用 Jellyfish 这个现成的软件来分析。

JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA

Jellyfish mer counter （原来和MaSuRCA是一个开发单位，我说怎么这么眼熟呢）

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